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目的：了解不同产权制度对乡镇卫生院运行状况的影响。方法：采取典型抽样方法，调查南通市两个县（区）的所有乡镇中心卫生院和一般卫生院的运行状况。结果：民营机制对改善乡镇卫生院经济运行状况有明显促进作用；政府举办的乡镇卫生院能更好地执行基本药物制度；政府举办的一般卫生院医疗费用水平明显低于民营机制卫生院，但是存在运行效率低下等问题。结论：坚持政府主导，强化政府监管才能保证乡镇卫生院健康发展。