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目的 调查广东省手足口病高发地区医疗机构在手足口病不同流行阶段儿童门诊环境肠道病毒污染现况.方法 在2016年手足口病流行前(1-3月)、流行高峰(5-7月)及流行后(10-12月),选取手足口病高发的广州和惠州2个地市4个县(区)不同等级医疗机构作为调查对象,采集儿童门诊各类物体表面涂抹拭子进行手足口病病原核酸检测;同时收集2个地市采样相应月份的手足口病月均发病率.结果 采集广州和惠州16家医疗机构的儿童门诊环境涂抹拭子共1 568份,肠道病毒核酸通用引物检测阳性率为4.21％.手足口病流行高峰的阳性率(7.34％)高于流行前(3.92％)与流行后(1.33％),差异有统计学意义(x2=23.90,P=0.000).儿童门诊环境阳性率与人群手足口病月均发病率存在正相关关系(r=0.50,P=0.67).二甲医院阳性率(5.87％)高于未分级医疗机构(5.71％)和三甲医院(2.84％),三者差异有统计学意义(x2=8.46,P=0.015);在流行高峰,二甲医院阳性率(11.43％)高于未分级医疗机构(9.17％)和三甲医院(4.61％),三者差异有统计学意义(x2=7.07,P=0.029),但在流行前和流行后,三者阳性率差异均无统计学意义(均P＞ 0.05).在二甲和三甲医院,9:00时采样阳性率(5.22％)高于16:00时(3.71％)和11:00时(2.45％),但差异无统计学意义(P＞0.05).健康儿童门诊阳性率(4.29％)高于患病儿童门诊(3.85％),差异无统计学意义(P＞0.05).在患病儿童门诊,阳性率居前3位的有治疗台(6.14％)、输液椅(5.73％)和候诊椅(4.76％);健康儿童门诊仅疫苗接种台(28.13％)与婴幼儿发育测量设施(7.14％)表面检出肠道病毒;疫苗接种台在不同流行期内阳性率均保持较高水平(18.18％～45.45％).结论 广东省手足口病高发地区医疗机构儿童门诊肠道病毒污染普遍存在,以手足口病流行高峰、门诊开诊日上午9:00时、门诊中疫苗接种台、治疗台、输液椅和候诊椅等物体表面污染较为严重,应有针对地制定院感防控措施.