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现实意义上的金税工程由五大子系统组成。以购货方企业申报发票认证的方式，通过认证子系统采集税控开票子系统开具的增值税专用发票（以下简称“专用发票”）抵扣联数据。以税控企业定期申报专用发票开具情况的方式，通过报税子系统采集对应的存根联数据。尔后，由认证子系统、报税子系统通过各自的软件接口分别将抵扣联、存根联数据传递到稽核子系统，以抵扣联载明的“发票代码”、“发票号码”和“纳税人识别号”等七项主要数据同对应存根联的数据进行比较核对。