鉴于塔里木河干流的水量日趋减少、水质盐碱化严重、渔业资源锐减的现状,在塔里木河干流阿拉尔段设置9团(9T,上游)、12团(12T,中游)、14团(14T,下游)3个采样点,2012年4月至2013年3月每月采样,通过水质特征分析与评价体系,对塔里木河阿拉尔段水质进行时空综合监测分析,探究此河段的水质状况。结果表明,塔里木河干流阿拉尔段水质随时空的不同有明显差异。温度随气候变化先升高、后降低,9月出现峰值;矿化度、盐度、导电性、溶解氧、溶氧饱和度、pH、氧化还原电位等均随每年4-5月和7-9月的2次补给水出现变化,矿化度最高与最低值出现在2月(5.56 g/L)和6月(1.24 g/L),盐度最高与最低值出现在7月的14T样点(4.58)和5月的9T样点(1.21)。不同的温度和流量与水质指标密切相关,从9T样点到14T样点,各项指标变化明显。塔里木河上游阿拉尔段具有高溶氧、高盐度、高矿化度、高pH、高电导率、低温、低氧化还原电位的水体特征,农田灌溉用水盐化程度可能加剧,亟待水生态修复与治理。