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目的对不同基因型的丙型肝炎病毒（HCV）E2蛋白进行生物信息学比较分析。方法从GeneBank中获取不同基因型HCV的E2蛋白核苷酸与氨基酸序列,运用DNA Star,Clustal X,BioEdit等国际通用软件进行氨基酸和核苷酸的序列比对,计算核苷酸和氨基酸同源性,应用AntheProt5.0软件分析HCV E2蛋白二级结构。结果不同基因型E2蛋白氨基酸数在HCV蛋白中所占比例为10.93%-11.65%。不同基因型间E2蛋白基因核苷酸同源性为61.1%-74.8%,氨基酸同源性为64.0%-82.