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目的：基于美国科学引文索引扩展（SCIE）数据库收录的南京中医药大学论文,分析当前中医药科研现状。方法：检索南京中医药大学2009年之前被SCIE数据库收录的所有论文,对检索出的208篇论文应用文献计量学方法进行统计和分析,并对统计中发现的问题进行讨论。结果与结论：本文以南京中医药大学为例,从一个层面揭示了中医药科学研究的优势、特点、存在问题和薄弱环节,为科技决策者制定合理的人才培养和学科发展政策提供了量化基础和决策支持。