目的 探讨男女泌尿生殖道中菌群结构差异,为临床男女泌尿生殖系统疾病研究提供可靠的病原学依据.方法 运用高通量二代测序技术检测30名健康正常成年男性泌尿生殖道分泌物、29名无性生活史女性阴道分泌物和20名妊娠妇女阴道分泌物中微生物,使用生物信息学软件对三组标本进行OTU丰度分析、UPGMA聚类分析、Heatmap聚类分析、Alpha多样性分析和样品组间显著性差异分析.结果 16S rRNA基因OTU共注释出36个门、23个纲、36个目、73个科、108个属和61个物种,ITS序列OTU共注释出4个门、12个纲、23个目、28个科、43个属和52个物种.Alpha多样性分析Sobs指数、Chao指数、Ace指数、Shannon指数、Simpson指数和Coverage指数显示,各组间物种多样性差异有统计学意义(P＜0.05).男性尿道分泌物与女性阴道分泌物菌群结构存在显著性差异,无性生活史女性和妊娠妇女阴道分泌物菌群结构部分相似,男性尿道分泌物与无性生活史女性阴道分泌物之间菌群组成及丰度相似的前5名物种分别为乳杆菌属、链球菌属、棒状杆菌属、葡萄球菌属和普雷沃菌属.三组之间菌群结构整体上差异显著,但仍有40种菌完全相同,均以乳杆菌属为优势菌,其次是链球菌属、假单胞菌属、加德纳菌属、芽孢杆菌属、葡萄球菌属、棒状杆菌属、普雷沃菌属、苍白杆菌属、拟杆菌属和不动杆菌属.结论 乳杆菌属菌群结构改变可能会引起男女泌尿生殖系统疾病;妊娠可能改变菌群结构,性生活可能在调节男女泌尿生殖道菌群结构方面起到重要作用.