为解决目前区域生态经济系统协调发展度评价的参考标准适用性问题,以区域生态经济系统为研究对象,根据其特征将其分为资源、环境、社会和经济四个子系统(RESE系统),从四个子系统中筛选20个代表性指标构建区域生态经济系统协调发展度评价指标体系,引入TOPSIS模型对其进行客观评价,同时运用灰色关联法对其改进以消除模型局限性,并以安徽省下辖16个地级市为例对其RESE系统进行评价研究。结果表明:安徽省RESE系统整体处于基本协调状态,皖南地区明显优于皖北地区,仅芜湖、合肥、黄山、宣城四市处于比较协调状态,且四市存在地域相近性。改进后的TOPSIS模型可以解决参考标准适用性问题,能为后续RESE系统协调发展度评价提供准确数据,保证了评价结果的客观真实性,同时也为区域生态经济系统协调发展评价提供了一种新思路。