【摘 要】
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为了分析天麻种质资源的遗传多样性及其进化关系,开发特异性SNP (Single nucleotide polymorphism)标记位点.实验通过对4种不同种或不同产地的同种天麻共28个样品进行SLAF测
【机 构】
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云南省农业科学院药用植物研究所,昆明,650203;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所,昆明,650203
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为了分析天麻种质资源的遗传多样性及其进化关系,开发特异性SNP (Single nucleotide polymorphism)标记位点.实验通过对4种不同种或不同产地的同种天麻共28个样品进行SLAF测序,首次在天麻种质资源中得到SLAF标签并开发SNP标记,通过De hove测序技术,构建SLAF文库,利用GATK和SAMTOOLS技术开发SNP标记.共获得75.95M高质量的reads数据,471 001个SLAF标签,其中多态性SLAF标签19 675个,并开发出60 238个群体SNP.对SNP标记的分析的结果表明,作为主要栽培种的天麻(W)由于长时间的人工培育,也许使得其遗传进化体系与其他的天麻种质资源存在较大差异.另外,所有样品中SNP标记的杂合率普遍高于20％,突出了天麻这一物种广泛的杂合性.而且,利用简化基因组测序技术SLAF-seq可以高效地、低成本地开发出大量的可用于群体遗传结构分析的SNP标记.
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