【摘 要】
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采用转录组测序技术对三个时期的桑葚进行转录组测序,建立桑葚的EST数据库。基于生物信息学方法分析桑葚转录组数据库的简单重复序列位点。从51895条unigenes中共检索出23641
【机 构】
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承德医学院蚕业研究所河北省高校特产蚕桑应用技术研发中心;
【基金项目】
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河北省自然科学基金资助项目-青年科学基金(C2018406033);承德医学院高层次人才科研启动基金(201604);承德医学院青年基金(201823)共同资助
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采用转录组测序技术对三个时期的桑葚进行转录组测序,建立桑葚的EST数据库。基于生物信息学方法分析桑葚转录组数据库的简单重复序列位点。从51895条unigenes中共检索出23641条unigenes含有44867个简单重复序列位点,共计252种基序类型。在所有基序类型中,以A/T与AT/AT型出现次数最多。单核苷酸基序类型与二核苷酸基序类型出现频率最高,共计75.69%。基序长度以10～20 bp为主,重复次数集中5～18次。设计27149对引物,随机选择20对引物,通过PCR验证,在4个桑树品种中展现出良好的重现性与通用性。桑葚转录组SSR位点类型丰富,具备开发出适宜于果桑选育的分子标记的潜力。
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