【摘 要】
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可变剪接是转录后重要的基因表达调控方式,也是转录组和蛋白质组多样性的重要来源.近年来随着拟南芥、水稻、玉米等植物转录组测序的完成,研究人员发现植物pre-m RNA可变剪接
【机 构】
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内蒙古科技大学生命科学与技术学院; 内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室;
【基金项目】
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国家自然科学基金（61662055,61671256,31660322）;内蒙古自然科学基金（2018MS03024）;内蒙古自治区高等学校青年科技英才支持计划资助项目~~
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可变剪接是转录后重要的基因表达调控方式,也是转录组和蛋白质组多样性的重要来源.近年来随着拟南芥、水稻、玉米等植物转录组测序的完成,研究人员发现植物pre-m RNA可变剪接的发生与组织分化、发育等生物学过程密切相关.本工作基于GEO数据库的RNA-seq数据,使用高通量测序数据分析常用的Trimmomatic、Salmon、DESeq2、SUPPA2等工具,识别了拟南芥的种子、根、叶、花、花梗、节间、长角果共7种组织的表达基因和可变剪接事件,以及7种组织间的差异表达基因和差异可变剪接事件,并以叶和花为例展示了相应的生物学功能分析.该工作系统地研究了拟南芥基因表达和可变剪接发生的组织特异性,有助于进一步阐明植物基因组的基因表达调控机制.
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