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蓝藻俗称“水华”,大规模的蓝藻暴发被称为“绿潮”。蓝藻能释放生物毒素类次级代谢物,含一定浓度藻毒素的水体会使鱼卵变异及生长异常,蓝藻水华暴发也常使大量水生生物死亡。鱼、虾、蟹、贝和浮游动物等积累的藻毒素有可能通过食物链的累积效应而危害人体健康。此外,蓝藻对水环境也可能产生影响,藻体死亡时还会散发恶臭,严重破坏景观。蓝藻的暴发最根本的原因是排入河湖的污染物远远大于水体的环境容量(或称自净能力)。