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蛋白质的相似性比较是研究蛋白质结构和功能的重要手段。与以往基于构建距离矩阵来研究蛋白质空间结构相似性的方法不同,文章从蛋白质的基本组成单元——氨基酸入手,通过对氨基酸以及蛋白质多肽链中的特殊结构的分析,综合考虑骨架原子Cα数、突变原子数、亲水微粒数、螺旋数四个方面,依托模糊数学等价矩阵理论,运用传递闭包的方法,提出了一种全新的相似性比较与分类方法。