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历代对温疫的认识各具特色，吴瑭以五运六气原温病之始，天地之气异常变化是温疫可能流行的有利条件，而少阳、少阴之气生成万物，尤为关键。细考《素问·六元正纪大论》所列，温疫好发之时的客气均为少阴、少阳。主客气不相得、不当位，自然气候出现反常状态，非时邪气易致温疫。少阴君火、少阳相火性偏火热，具从标从本之化，又强调阴阳互根之义。阴阳兼杂的温疫宜以人身的三焦肌腠、心火肾水为重点辨证论治更为妥当。