【摘 要】
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野地瓜又名地果、地枇杷等,富含多种维生素和矿物质,具有食用、药用、观赏等多种用途.为探索野地瓜代谢过程的分子机制,采用Illumina HiSeqTM 2500测序平台,对从贵州省六盘水
【机 构】
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贵阳学院生物与环境工程学院,贵阳,550005;贵州省山地珍稀动物与经济昆虫重点实验室,贵阳,550005
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野地瓜又名地果、地枇杷等,富含多种维生素和矿物质,具有食用、药用、观赏等多种用途.为探索野地瓜代谢过程的分子机制,采用Illumina HiSeqTM 2500测序平台,对从贵州省六盘水采集到的野地瓜茎、叶进行了转录组测序.结果表明,共获取了102 862 706个读段,组装、过滤后获得85 787个Unigenes,其总长度为38 024 042 bp,平均长度为443 bp,N50为889 bp,GC含量为41.09％.通过比对到7大数据库(NR,SwissProt,KEGG,COG,GO,PFAM,InterPro),共注释了60 428个Unigene,注释率为70.23％.在野地瓜茎叶转录组中共预测到29 451个CDSs序列,共检测到13 625个Indel位点以及144 091个SNP位点.茎中检测到Indel和SNP位点总数以及8种不同类型的SNP位点数均明显多于叶片.通过比较野地瓜茎、叶转录组,共检测到77 292个差异表达基因,其中上调表达基因有36 506个,下调表达基因有40 786个.通过GO富集分析,发现差异表达基因分属于15个细胞组分,12个分子功能以及19个生物学过程.通过KEGG富集分析,发现差异表达基因共涉及133条代谢通路.本研究为后续发掘野地瓜物质代谢合成途径相关功能基因提供依据.
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