基于16S rRNA基因高通量测序方法分析多花黄精内生细菌群落结构及多样性

来源 :湖南中医药大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：gby603

【摘要】

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目的采用高通量测序技术分析多花黄精内生细菌的多样性及菌群结构。方法通过蒽酮-硫酸法测定多糖含量,采用通用引物对细菌16S rRNA高可变区(V3-V4区)进行PCR扩增,运用Illumin

【作者】

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蔡媛刘浩王勇庆谢景黄建华劳嘉贺炜张水寒

【机构】

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湖南省中医药研究院中药研究所,绿之韵生物工程集团有限公司

【出处】

：

湖南中医药大学学报

【发表日期】

：

2020年7期

【关键词】

：

多花黄精 16S rRNA 内生细菌多样性群落结构 Polygonatum cyrtonema16S rRNAendophytic bacteriadive

【基金项目】

：

国家自然科学青年基金项目(81503197),湖南省自然科学青年基金项目(2018JJ3310),湖南省中医药管理局项目(201810),湖南省中医药研究院科研计划项目(201705),湖南省科技特派员创新创业(2019NK4143)

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目的采用高通量测序技术分析多花黄精内生细菌的多样性及菌群结构。方法通过蒽酮-硫酸法测定多糖含量,采用通用引物对细菌16S rRNA高可变区(V3-V4区)进行PCR扩增,运用Illumina Miseq PE250高通量测序技术对扩增子进行测序,并用QIIME等软件对测序序列进行生物信息学分析。通过Spearman相关性分析菌群与多糖含量的相关性。结果多花黄精内生菌测序共获得90 628条有效序列和5 287个OTU,稀释曲线和Coverage指数反映测序结果比较全面地覆盖了多花黄精内生细菌群落。Alph

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