随着经济的发展,以信息化、数字化以及网络化为核心的信息技术改革,给传统的商务观念和组织结构带来了全新的改变,一种新型商务模式就此诞生,即电子商务运营模式。电子商务作为一种经济运作方式,打破了空间与时间的阻碍,加快了企业的经营速度的同时提高了企业的效益,积极推动了改革创新。但是,任何事情都有两面性,作为一种电子化的新兴技术产业,电子商务的各项业务都趋于网络化、数字化,其业务流程和管理模式都打破了传统的方式,风险与安全问题已经成为电子商务推广过程中最大的障碍。传统内部控制手段不能很好地满足电子商务的各项要求,这必然成为企业健康发展道路上的绊脚石。因此,本文通过对内部控制理论的阐述,并根据电子商务的特点,从多个方面分析电子商务对内部控制产生的影响,并结合具体的案例深入探究电子商务环境下企业内部控制存在的问题,最后提出针对性政策建议,在充分发挥电子商务的优势的同时克服其存在的弊端,改善内部控制体系,促进企业更好地发展。