【摘 要】
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目的 识别引起肾透明细胞癌(renal clear cell carcinoma,ccRCC)发病的关键基因和其生物学过程.方法 分别从GEO和TCGA数据库中下载相关数据,应用R软件中的limma和EdgeR包筛选
【机 构】
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哈尔滨医科大学附属第三医院泌尿外科,黑龙江哈尔滨,150001
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目的 识别引起肾透明细胞癌(renal clear cell carcinoma,ccRCC)发病的关键基因和其生物学过程.方法 分别从GEO和TCGA数据库中下载相关数据,应用R软件中的limma和EdgeR包筛选出在癌症样本和正样本中差异表达的基因(differentially expressed genes,DEGs).然后,利用STRING数据库构建蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络,并基于网络进行模块挖掘和功能注释.结果 共筛选出4 667个DEGs,构建了包含519个DEGs(节点),2 394对互作(边)的PPI网络.挖掘到的得分最高的三个模块注释到了G蛋白偶联受体信号通路、信号转导、防御反应、炎症应答、细胞迁移调控、细胞增殖与分化和神经活性配体-受体相互作用等在ccRCC的发展中有重要作用的生物学过程中.识别出与ccRCC发生发展密切相关的关键基因CA9、CDKN2A、MET、HLA-C、VEGFA、LDHA和TERT等.结论 本研究筛选出的几个关键基因和功能通路可能在ccRCC的发展中起关键作用.
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