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采用改良的CTAB法提取珙桐基因组DNA,并采用正交试验设计方法优化其ISSR-PCR反应体系。结果表明:改良CTAB法提取基因组DNA的质量符合ISSR-PCR扩增反应的要求。最佳反应体系为:20μL反应液中含有2.0μL10×buffer、2.75 mmol/L Mg2+、0.125 mmol/L dNTPs、0.7μmol/L引物、0.75 UTaq酶和40 ng模板;PCR反应参数为:94℃5 min;94℃30 s,53.2℃45 s,72℃1 min,共40个循环;72℃7 min。