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感染途径的分布感染因子通过直接或者间接方式导致慢性疾病，其途经包括急性感染、持续急性感染、基因持续的非复制性（隐性）感染、对一种可能不是致病原因的感染因子的免疫应答以及恶化。某些慢性后遗症可以通过直接组织损伤或者基因整合加以解释，但机体对防御抗感染基本方式之一的炎性免疫应答也多次被确定为导致包括一些癌症在内的多种慢性疾病感染的原因。炎症也引起多种至今仍然被归类于自身免疫性疾病或者免疫介导的慢性状态（例如：系统性红斑狼疮、风湿性关节炎、局限性回肠炎）。在这些炎性综合征的发病机理中，先天的和后天的免疫起了决定