目的:提出基因频率矩阵的图论主坐标分析方法,探讨该法在人类群体遗传结构研究中的应用。方法:从分析基因频率矩阵的结构特征入手,将主坐标分析与图论中的最小生成树有机结合,构建人类群体遗传结构的图论主坐标模型,并以中国26个汉族人群HLA-A位点遗传结构分析为例,验证图论主坐标分析的科学性和适用性。结果:图论主坐标分析的基本步骤可概括为:①对中心化基因频率矩阵进行主坐标分析;②按图论原理求过m维空间n个点的最小生成树;③利用求“颈”法分割最小生成树;④将最小生成树整合到二维主坐标散点图中构建图论主坐标分类图。根据此步骤,对中国26个汉族人群HLA-A位点遗传结构进行了图论主坐标分析,分析结果符合中华民族源与流的客观规律。结论:图论主坐标分类图既可显示各群体的遗传结构特性,又可利用最小生成树的连接关系揭示各群体间的内在联系;图论主坐标分析是分析人类群体遗传结构的一种理想方法。