禾本科V-ATPase基因家族与全基因组加倍关联的适应性进化分析

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V-ATPase在植物适应逆境中起着非常重要的作用,本研究以重要模式植物拟南芥V-A TPase相关基因为目标序列,通过在6个禾本科植物(水稻,大麦,玉米,高粱,谷子和二穗短柄草)基因组中进行比较分析,揭示该基因家族扩增机制和适应性进化进行研究.分析发现,七个不同的植物基因组虽然经历了不同全基因组加倍,其中谷子与玉米加倍关联的基因数量最多,但V-A TPase基因数量在每个基因组非常相近,尤其是禾本科中玉米相对其它物种多一次单独的特异性加倍,然而这一基因家族数量并未增加,这表明全基因组加倍虽然在一定程度上使得家族基因扩增,但是基因丢失可能也维持了该基因组的剂量;对七个基因组中的161个V-ATPase基因进行motif分类确定,不同物种基因组中的motif结构不同,拟南芥和水稻中c-亚基相关的基因数量最多;系统发育分析发现,拟南芥基因和水稻基因进化相对较快,并且在拟南芥中这一基因家族有3个基因簇,它们与基因的串联重复加倍有关联;适应性进化分析揭示B-亚基相关的基因在进化过程中受正选择压力影响进化.“,”V-A TPase plays an important role in plants.We analyze the evolutionary characteristics of V-A TPase genes by using bioinformatics method.In this study,an important plant ofArabidopsis thaliana V-A TPase gene was used as a target sequence.Through the six grass plants (rice,barley,maize,sorghum,barley,and Brachypodium distachyon) genome comparative analysis,we revealedthe amplification mechanism and adaptive evolution of this gene family.We found that the number of V-A TPasegene in each species are very similar,the number of gene families did not increase.The results show that gene loss may also maintain the number of the gene family.In seven genome of 161 V-A TPase gene motif analysis,different species have different motif.Phylogenetic analysis found that the gene in Arabidopsis and rice evolution relatively quickly,and the gene in Arabidopsis thaliana family have three gene cluster.Adaptive evolutionary analysis shows that B family affected by positive pressure selection.
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