【摘 要】
:
目的 通过生物信息学分析构建结直肠腺癌的miRNA预后模型.方法 通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)获取结直肠腺癌患者的miRNA表达谱与相应的临床数据,通过差异分析明确肿瘤组与正常对照组之间差异表达的miRNA.随后,将具有生存状态和生存时间的患者(n=484)随机分为训练集(n=244)和测试集(n=240),对训练集的差异miRNAs和患者的总生存期进行单因素和多因素Cox分析来构建预后模型,并用Kaplan-Meier法与受试者工作特征曲线(receiv
【机 构】
:
中国医学科学院北京协和医学院,北京 100029;中日友好医院消化内科;北京大学医学部
论文部分内容阅读
目的 通过生物信息学分析构建结直肠腺癌的miRNA预后模型.方法 通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)获取结直肠腺癌患者的miRNA表达谱与相应的临床数据,通过差异分析明确肿瘤组与正常对照组之间差异表达的miRNA.随后,将具有生存状态和生存时间的患者(n=484)随机分为训练集(n=244)和测试集(n=240),对训练集的差异miRNAs和患者的总生存期进行单因素和多因素Cox分析来构建预后模型,并用Kaplan-Meier法与受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)在训练集与合并数据集中验证模型的效能.此外,用单因素和多因素Cox分析验证miRNA模型是否为结直肠腺癌患者的独立预后因素.为了明确miRNAs的生物学功能,对miRNAs的靶基因进行了KEGG、GO富集分析.结果 我们从TCGA数据库中获得了肿瘤组织与正常组织之间520个差异表达的miRNAs,在训练集中通过单基因与多因素Cox分析筛选出7个miRNA(hsa-miR-891a-5p、hsa-miR-664b-3p、hsa-miR-485-5p、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-3615、hsa-miR-21-3p和hsa-miR-3677-3p)用以构建模型,并将患者分为高风险组与低风险组,Kaplan-Meier分析结果提示高风险组患者的总生存期明显低于低风险组患者.训练集、测试集与合并数据集的ROC表明该模型预测5年生存期的曲线下面积(area under the curve,AUC)分别是0.722、0.747和0.735,提示该模型有较好的预测能力.此外,多因素Cox分析提示该模型是患者的独立风险因素.基因富集分析结果提示miRNAs相关的靶基因与Hippo信号通路、cGMP-PKG信号通路、细胞生长等通路密切相关.结论 本研究建立了一个miRNA预后模型能够有效地预测结直肠腺癌患者的总生存时间,并为研究miRNA在结直肠腺癌发生发展的作用提供了新的方向.
其他文献
本文简述了同位素纯硅材料在新领域中的应用,并回顾早期关于稳定同位素硅-28(28 Si)的获得和进行的一些相关实验.针对在计量单位-千克的重新建立过程中,利用硅-28精确测量阿伏伽德罗常数的问题,本文根据相关理论和文献,推导了同位素丰度与晶格常数的关系,并据此估算了硅同位素丰度需要达到的要求.
目的 比较P16、Ki-67和HPV E6/E7 mRNA检测对于宫颈高级别上皮内瘤变(CIN2+)的诊断效能,评估二者作为宫颈病变诊断分流标志物的可行性.方法 选取潍坊市人民医院79例经组织学病理确诊患者,其中53例CIN2+,26例CIN1-,通过免疫细胞化学方法对剩余宫颈细胞学标本进行P16、Ki-67双染检测,通过应用分支链DNA信号放大技术检测高危人乳头瘤病毒E6/E7 mRNA转录情况,应用快速分子导流杂交技术检测HPV分型作为参照,对敏感性、特异性等诊断指标进行比较.结果 与TCT/HPV
针对长期稳定生产的同位素,在不考虑产业链技术革新的前提下,级联的利用率是直接影响同位素成本的关键.因此可以通过合理的级联分离及结构设计,提高级联利用率,降低同位素成本.在多组分同位素分离中,没有理想级联的概念,暂无通用化的设计方法,为此以准理想级联设计结合规模级联的圆整化思路,开展多组分同位素分离级联设计方法研究.研究结果表明,设计级联的利用率相较于通用性较强的矩形级联可提高约20% 的生产能力,分离成本大幅下降,该设计方法可用于长期稳定生产的多组分同位素分离级联的设计.
10 B同位素在中子屏蔽和探测中有重要的作用,目前大规模生产硼同位素的方法主要是化学交换精馏法.随着10 B市场需求的增加,在国产化取代进口的背景趋势下,探索硼同位素分离方法的优化和创新有重要意义.本研究分析了气体扩散法用于10 B同位素分离的经济性,并根据市场实际情况估算产品成本.首先分析以B F3为介质的单级扩散分离效应并估算级联规模,接着从设备投资及生产运行成本两方面进行硼同位素生产的经济性分析,并结合实际情况具体分析气体扩散法生产60% 和96% 丰度10 B同位素产品的成本以及影响因素.通过经济
肠道菌群由数万亿个微生物组成,正常情况下它们与宿主保持着共生关系,在调节宿主新陈代谢中发挥着重要作用.近年来,肠道菌群在各系统疾病中的作用受到了大量科研工作者的关注,本文就肠道菌群与非消化系统疾病的关系作一概述,为相关疾病的诊治提供更多的理论支持.
目的 探讨彩色超声对重型颅脑损伤术中急性脑膨出的诊断及治疗价值.方法 回顾性分析2013-12至2018-12武警北京总队医院和武警四川总队医院收治的32例重型颅脑损伤术中发生急性脑膨出患者的临床资料,术中采取超声检查的方法,诊断脑膨出的病因及进一步指导手术治疗方案.观察记录术中超声诊断脑膨出的病因类别、部位特点(包括例数)及指导手术后6个月时的格拉斯哥预后评分(Glasgow outcome score,GOS).结果 本组中8例根据术前CT所示的颅骨骨折特点,推测术中脑膨出的病因可能为对侧出现迟发性颅
波纹管是超临界气体离心机的核心部件,可改变转子流场的空间结构.为了研究波纹管对气体离心机流场的影响,在单向关联水力学模型和Iguassu离心机模型基础上,在交错网格上离散二维N-S方程组,并使用同伦算法和牛顿迭代法求解,对包含内、外波纹管的流场分别进行数值模拟.结果表明,外波纹管对环流几乎没有影响,但在不改变贫取料压强的情况下,为避免U F6气体发生冷凝,其允许径向凹陷深度很小.而内波纹管会对环流产生阻碍作用,导致分离性能下降,其径向凸起高度是影响分离性能的主要因素;在贫取料压强一定的情况下,径向凸起高度
目的 描述克罗恩病(Crohn\'s disease,CD)并发肠膀胱瘘患者的临床特征及长期预后,并评估英夫利西单抗(Infliximab,IFX)的疗效.方法 纳入2002年1月至2021年1月在北京协和医院收入院的CD并发肠膀胱瘘患者15例.通过门诊访谈或电话随访,了解患者的症状改善、瘘管愈合及腹部手术情况.结果 15例患者均为男性.诊断肠膀胱瘘的年龄为(34±13)岁.主要临床症状包括气尿、粪尿(86.7%)及膀胱刺激症状(60.0%).肠膀胱瘘最常发生于回肠(66.7%),其次是乙状结肠(26
目的 评价单气囊小肠镜(single balloon enteroscopy,SBE)对老年患者小肠疾病的诊断价值.方法 回顾性分析首都医科大学附属北京友谊医院消化分中心2017年1月至2019年12月行全身静脉麻醉SBE检查老年患者60例,与同期检查的146例非老年患者进行比较.结果 60例老年患者均能耐受检查,检出阳性率为46.7%(28/60),老年患者SBE检查时间为22~172 min,平均检查时间为76.9 min.老年患者主要受检原因为不明原因消化道出血56.7%(34/60),老年患者因腹
目的 分析影响小肠腺癌(small intestinal adenocarcinoma,SBA)患者的预后因素,构建列线图预测SBA肿瘤特异性生存率(cancer-specific survival,CSS),为SBA患者提供合理的CSS预测.方法 通过SEER数据库获取2010年至2015年确诊为SBA的2473例患者的临床资料,采用R软件caret包将数据以6:4的比例随机分为建模组(n=1485)和验证组(n=988),对建模组进行生存分析及多因素Cox回归分析,将所获取的独立预后因素构建列线图,并