全氟化合物（perfluorinated compounds,PFCs）因其环境持久性、生物富集性、潜在毒性以及长距离迁移性等特性而引起了广泛的社会关注。长江流域重庆段是三峡库区的主要组成部分,同时也是重庆工农业生产和人民生活用水的主要来源,其水质情况直接影响着周边及其下游沿线居民的生产生活和健康水平。为了解长江流域重庆段内全氟化合物的污染分布特征与风险水平,采用固相萃取分离富集与液相色谱-串联质谱联用相结合的方法,分析了重庆境内长江干流及其主要2条支流（嘉陵江和乌江）地表水中16种PFCs的质量浓度,并运用风险商法以及健康风险值计算模型对该研究区域进行了风险评估。结果表明,长江流域重庆段普遍检出PFCs,地表水中PFCs总质量浓度范围为1.54—61.94 ng·L^-1。PFCs的空间分布总体上呈现沿水流方向降低的趋势,并且干流的检出质量浓度高于支流,在干流入境断面和乌江入境断面分别出现最高值和最低值。来源分析显示,研究区域PFCs主要来源于工业废水排放。风险评估结果表明,该流域地表水中PFCs尚未达到对生态环境和人体健康具有风险的水平。该研究通过对长江重庆段地表水中PFCs的研究,为该地区PFCs污染现状提供基础资料,也能够为该地区水质改善、水环境保护及制定相关管控措施提供重要的科学依据。