国家重点生态功能区转移支付具有实施保护生态环境和改善民生的政策目标。由于财力较弱的国家重点生态功能区既缺乏改善民生的资金,又缺乏生态环境保护的资金;生态环境质量较差的国家重点生态功能区因保护生态环境成本较大需要更多的生态环境保护资金。因此,国家重点生态功能区转移支付资金的分配,须通过平衡不同区域之间的差异以提高所有国家重点生态功能区的生态环境质量与民生水平。为了验证国家重点生态功能区转移支付资金分配机制是否具有向财力较弱与生态环境质量较差地区倾斜的特性,本文对国家重点生态功能区转移支付资金分配公式进行了推导,并以陕西省为例对资金的分配进行了实证分析,研究结果显示:①国家重点生态功能区转移支付公式中的"标准财政收支缺口"项含有基本公共服务均等化属性,剩余各项含有生态环境保护属性,公式包含向财力较弱和生态环境质量较差的地区倾斜的政策目标;②与其政策目标相违背,实践中的国家重点生态功能区转移支付资金并没有向财力较弱和生态环境质量较差的国家重点生态功能区倾斜,反而与国家重点生态功能区的财力水平、生态环境质量呈正相关。究其原因,以"标准财政收支缺口"为核心的国家重点生态功能区转移支付资金分配公式是导致违背"两个倾斜"的症结所在。要扭转实际分配中的"两个倾斜"偏差,促使国家重点生态功能区转移支付政策目标的实现,必须改变公式计算要件"标准财政收支缺口",在保护生态环境的前提下改善民生。