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深入研究区域协同创新的理论机制，对于提高区域创新效率、提升区域发展竞争力具有重要意义。从系统论的角度出发，论述区域协同理论及机制，分析国内外协同创新模式，综合借鉴已有的相关评价指标体系，确立了4项一级指标、11项二级指标、32个三级指标，采用层次分析法和专家咨询法确定指标权重，构建了区域性协同创新能力评价指标体系。对15个副省级城市区域性协同创新能力进行实证分析和评价，找出影响区域性协同创新能力的主要因素，分析济南市协同创新存在的主要问题，提出推动当地协同创新发展的对策与建议。