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小麦全蚀病在苗期和成株期均可发病,以近成熟时病株症状最为明显。幼苗期病原菌主要侵染种子根、茎基部,使之变黑腐烂,部分次生根也受害。病苗基部叶片黄化,心叶内卷,分蘖减少,生长衰弱,严重时死亡。病苗返青推迟,矮小稀疏,根部变黑加重。拔节后茎基部1~2节叶鞘内侧和茎秆表面在潮湿条件下形成肉眼可见的黑褐色菌丝层,称为“黑脚”,这是全蚀病区别于其他根腐病的典型症状。重病株地上部明显矮化,发病晚的植株矮化不明显。