目的筛选肝肾阴虚型晚期结直肠癌(CRC)患者使用六味地黄颗粒前后的基因表达谱差异,探索六味地黄颗粒药效的基因组学机制。方法选取晚期肝肾阴虚型CRC患者以六味地黄颗粒进行干预,21 d为1个疗程。干预期间患者不接受其他西医及中医药治疗。21 d后再次提取外周血,进行基因芯片检测,并与干预前芯片结果进行自身对照分析。结果与干预前相比,干预后基因芯片检测发现129个差异基因条,其中128个上调,1个下调。基因功能(GO)富集分析结果显示,干预前后共发现254个基因GO存在显著差异(P<0.05或P<0.01)。在生物过程中,凝血功能相关的基因占41.5%;在细胞组成中,45.5%的差异基因与细胞质膜有关;在分子功能方面,64.9%的差异基因与结合有关。结论晚期CRC肝肾阴虚型患者应用六味地黄颗粒干预前后存在差异表达基因,功能分析显示六味地黄颗粒可增强患者凝血功能,增加钙离子结合。