在鲜食玉米苗期发生涝害能够造成较大幅度减产，通过遗传改良提高鲜食玉米苗期的抗涝性是应对水淹胁迫的有效途径。本研究以241份鲜食玉米自交系为研究材料，以水淹胁迫下苗期自交系株高、植株干重的变化率为评价指标，筛选耐水淹和水淹敏感鲜食玉米自交系各20份。此外，在水淹胁迫下，对筛选品种苗期叶片的光合指标、胁迫相关生理指标及耐水淹相关标记基因ZmP4H4、Sicyp51、ZmbRI的变化进行分析。结果表明：对于光合指标，水淹敏感自交系与耐水淹自交系存在显著差异。耐水淹自交系处理与对照的丙二醛含量无显著差异（P=0.3603），但过氧化氢含量存在显著差异（P=0.0456），脯氨酸的含量存在极显著差异（P=0.016）。水淹敏感自交系处理与对照的丙二醛（P=0.0479）和脯氨酸含量（P=0.036）存在显著差异，过氧化氢（P=6.63E-06）含量存在极显著差异。耐水淹自交系处理与对照之间耐涝相关基因表达量变化较明显，而水淹敏感自交系处理与对照之间耐涝相关基因表达量变化不显著。研究结果对于玉米耐水淹育种具有重要意义。