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印度尼西亚穿越流是西太平洋和印度洋之间热量传输的重要载体，穿越流的活动由潜在地影响El Nino和季风现象进而影响到全球气候变化。通过对爪哇海SHI9006岩心LGM以来氧同位素、有孔虫与CaCO3沉积量、浮游有孔虫浅层水种与深层水种比值反映的古温跃层变化等的研究，得出结论：研究区末次冰期氧同位素2期穿越流活动微弱，冰后期穿越流活动增强；特别是冰消期终止期IA，穿越流活动由弱迅速增强，是冰川消融、海平面上升，印度尼西亚岛弧古海水通道开放的结果。