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序列比对是设计具有针对性的有效算法对两个或多个DNA、RNA或蛋白质序列进行比较,找出它们之间最大相似性匹配进而判断其是否具有同源性。本论文探讨了全局序列比对算法——Smith Waterman算法,提出了一种用数组记录序列比对过程中遍历路径的方法并对比对过程进行递归调用,使之能找出全部具有最大相似性的比对结果,以获得最佳路径。并对多序列比对进行了简单的讨论。