五指山热带山地雨林的物种种类十分丰富，在１ｈｍ ２样地中共出现５４个科，１００个属的乔木树种１７７种，１３３７个个体。区系地理分析表明属的分布区类型以热带分布型成分占优，为８９．０％ ，充分体现了五指山山地雨林的热带性质。多样性指数分析结果为：样地１ Ｍａｒｇａｌｅｆ指数１７．８２２，Ｓｈａｎｎｏｎ－Ｗｉｅｎｅｒ 指数５．９００，均匀度０．８５９，Ｓｉｍ ｐｓｏｎ 指数０．０２８，均匀度３．８６６；样地２ Ｍａｒｇａｌｅｆ指数１７．３８１，Ｓｈａｎｎｏｎ－Ｗｉｅｎｅｒ指数５．６２１，均匀度０．８２３，Ｓｉｍ ｐｓｏｎ 指数０．０５０，均匀度６．７７５，表明五指山热带山地雨林具有较高的多样性和均匀度，且低海拔的样地较高海拔的样地多样性高。在五指山热带山地雨林中共有单个体种４４种，双个体种２５种，分别占物种总数的２４．９％ 和１４．１％ ，这些低密度的或小种群的偶见种相对群落的主要种来说，更容易受到各种胁迫的影响而在群落中绝灭，从而使群落的物种多样性降低。