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近年来随着我国高等教育办学规模的日益扩大和教育体制改革的不断深入，高校发展迅速，相应的科研项目也不断增加，并呈现出经费来源多样化、经济活动复杂化等特点。随着“营改增”在全国范围内的推行．“营改增”对高校科研，特别是横向课题将产生重大影响。如何创建高效的科研经费管理模式成为高校发展改革中的当务之急。文章分析了“营改增”对高校科研经费使用的影响，进而提出高校应对“营改增”影响的对策和建议，目的在于促进高校科研经费的科学管理，为高校发展提供财务保障。