农网35kV变电站的一次、二次系统是一个不可分割的整体，他们既密切相关又相互影响。变电站综合自动化系统内部各个子系统都为弱电系统，它们工作的环境是电磁干扰非常严重的强电环境，一旦受到这些电磁的干扰，将不能正常工作，会给电力系统的安全、可靠运行带来严重的后果。另一方面，二次设备本身还会发射电磁波污染环境。因此，提高变电站自动化系统的抗电磁干扰能力有着至关重要的实际意义。
　　一、技术隔离措施
　　1.1 模拟量的隔离
　　农网35kV变电站的微机保护装置、微机监控装置以及其他自动化装置所采集的模拟量，大多来自电压互感器和电流互感器。电压互感器和电流互感器均处于强电回路中，不能直接输入到综合自动化系统中，必须经过设置在自动化系统中各种交流回路的隔离变压器。这些隔离变压器一次、二次中间必须有隔离层、屏蔽层，而且屏蔽层必须安全接地，这样可起到电场屏蔽作用，防止高频信号通过分布电容进入自动化系统的响应部件。
　　1.2 开关量输入、输出的隔离
　　农网35kV变电站综合自动化系统开关量的输入，主要是断路器、隔离开关的辅助接点等。开关量的输出大多也是对断路器、隔离开关的控制。这些断路器和隔离开关都处于强电回路中，假如与自动化系统直接连接，必然引起很强的电流干扰，所以要通过光电隔离和继电器隔离。开关量输入回路前及信号变换部分因考虑采用滤波，开关量输入信号送给CPU之前，必须进行隔离处理，可采用光电隔离，而且两级光电隔离的效果会比较好。在开关量的输入板的出口处和CPU板的入口处各设置一级光电隔离，开关量输出回路也应在前端采取光电隔离措施，可通过光耦合或继电器进行隔离，而且两级隔离效果最好，在开关量的输出板的入口和CPU板的出口处各设一级隔离。
　　1.3 其他隔离措施
　　另外在二次回路布线时，应考虑隔离，减少互感耦合，避免干扰由互感耦合侵入。强、弱信号电缆的隔离，强、弱信号不应使用一根电缆，信号电缆应尽量避开电力电缆，或尽可能增大与电力电缆的距离，减少平行长度。避免回路的相互感应。另印刷电路板上的布线也要注意避免互感。
　　二、设备接地
　　接地是保护人身和变电站一、二次设备安全的重要措施之一，也是电磁兼容及变电站综合自动化系统抑制干扰的主要措施。
　　2.1 一次系统接地
　　一次系统接地是以防雷、保证安全为主要目的，但它对二次系统的电磁兼容有重要的影响。如果接地合适，可以减少开关场内的瞬间电位升高，这对二次设备兼容很有好处。处理一次系统接地，应注意对于引入瞬变大电流的地方映射多根接地线并加密接地网，以降低瞬变电流引起的地电位升高和接地网各电位差。
　　2.2 二次系统接地
　　二次系统接地分为保护接地和工作接地两大类。
　　（1）保护接地：保护接地主要是为了避免工作人员因设备绝缘损坏或绝缘降低时，遭受电击危险和保证设备安全。保护接地是将设备的外壳接地，以防电击或静电放电。保护接地的接地网，通常是一次系统的接地网，接地线应尽量短和可靠，以降低可能出现的瞬变过电压。
　　（2）工作接地：工作接地（如模拟地、信号地、屏蔽地）是为了给设备或微机控制系统或保护装置一个电位基准，保证其可靠运行，目的是防止地环流引起干扰及防止反击和二次过电压。同时接地线还可以作为各级电路之间信号传输的返回通道。
　　三、滤波
　　滤波是抑制自动化系统模拟量输入传导干扰的主要手段，模拟量输入通道受到的干扰有差模干扰和共模干扰两种。对于串入信号回路的差模干扰，采取滤波的方法可以有效的滤除。因此，各模拟量输入回路都需要先经过一个滤波器，以防止频率混迭。滤波器能很好地吸收差模浪涌。
　　如果差模干扰信号Unm的频率比被测信号Us的频率高，则采用低通滤波器来抑制高频差模干扰；如果Unm的频率比被测信号Us的频率低，则采用高通滤波器；如果Unm的频率落在被测信号Us频率的两侧，则采用带通滤波器。
　　对抗电磁干扰滤波器的要求：在阻带范围内，要具有足够高的衰减量，将传导干扰电平降低到规定范围内；对传输的有用信号的损耗，应降低到最低程度；电源滤波器对电源工作电流的损耗应降低到最低程度。常见滤波器的种类及作用如下：（1）电容滤波器：最简单的低通滤波器有旁路电容器，利用电容器的频率特性，使高频串模干扰旁路掉。在变电站综合自动化系统的交流输出回路中，小电压互感器和小电流互感器的输入端子上和印刷电路板上常采用这种电容滤波器。（2）电感滤波器：电感滤波器常称为扼流圈，按其作用分为差模扼流圈和共模扼流圈两种。差模扼流圈串接在电路中，用于遏制高频噪声。共模扼流圈有两个线圈，当出现共模噪声时，两个线圈产生的磁通方向相同，通过耦合使电感加倍，起到很强的抑制作用。（3）R、C滤波器：R、C滤波器是通常采用的滤波器。在交流采样的小电流互感器和小电压互感器的二次侧采用R、C滤波器，可以滤去高频干扰信号。