由于大量用药和大量换水的现象，导致我国水产养殖环境日益恶化，近年来我国频繁出现赤潮现象，不仅扰乱了生态平衡，导致病害频繁发生，还带来了巨大的经济损失。利用生态修复技术处理水产养殖废水已经得到了广泛的认可，此技术包括物理修复、化学修复和生物修复。与传统的物理和化学修复相比生物修复具有费用低、耗时短、净化彻底、不易产生二次污染、不危害养殖功能、不破坏生态平衡等诸多优点。生态修复技术中，利用有益菌藻制剂联合净化底泥环境和水质环境是个崭新的尝试，不仅能改善环境，藻类还提供水产食物。但是菌藻共生作用机制、菌藻酶学、生理生化通路和生态组合、规避和拮抗环境影响因子等具体修复机理还需要进一步了解。只有掌握了修复机理的细节，才能有效改进修复技术，进行有效的修复监控。此外，构建基因工程菌和藻类，将生物界中具有优秀修复效能的菌藻基因转入其他菌藻或植物中，打破物种隔离的限制，可以针对不同水产生态系统的不同退化原因，构建对于生态系统最合适、功能最全面的修复生物，也可以构建有更强环境适应能力，活性保持范围更宽的修复生物，并通过有效的固定化技术和载体实现修复的功能。 利用类似人工湿地的生态系统，发挥微生物一植物一介质体系的吸收吸附、转化作用，有效利用水产废水营养物和消除病菌，实现养殖水的循环使用，是实现水产养殖可持续发展的环境友好技术。提高这一类型系统的运行效率、处理效果和环境适应性是迫切需要解决的难题。本文分别介绍了各种生态修复技术的原理以及应用前景。