尽管柯萨奇病毒B4(Coxsackievirus B4,CVB4)分离率不高,但是在我国引起儿童脑炎的病例屡屡报道。目前人们对CVB4基因组的遗传变异了解并不多,GenBank公共数据库仅仅存储有20几个CVB4全基因组序列,分离自我国的CVB4基因组序列不足10条。本研究对2013~2014年山东省分离的4株CVB4阳性样本进行高通量测序,测得其全基因组序列,利用Mega 5.1对CVB4型毒株全基因组及VP1片段进行系统发生及同源性分析,用RDP3和SimPlot 3.5.1软件进行基因重组分析。结果显示这4株病毒为柯萨奇病毒B4(Coxsackievirus B4,CVB4)型,全基因组序列长度分别为7 372bp、7 389bp、7 389bp和7 391bp,核苷酸同源性为97.1%~99.9%,氨基酸同源性为98.5%~99.9%。与2013年温州CVB4分离株CVB4/P11/2013/China(GenBank登录号:KP289433)分离株同源性最高,核苷酸及氨基酸同源性分别为97.1%~98.3%和98.6%~99.4%。对VP1基因进行系统发育树分析表明,VP1基因可划分成5个基因型,基因型内部序列距离小于15%,而基因型间距离均大于15%。另外,4株CVB4分离株VP1的进化关系较近,同近年来国内其他分离株单成一簇,属于基因型V分支。经RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析发现,这四个CVB4分离株均发生了基因重组,分离株SDJN/CHN/2013可能发生了两次基因重组。综上,这4个CVB4分离株基因组高度相似,均位于基因型V分支,且基因组发生了基因重组。