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生理性病害又称非侵染性病害，是由于生长条件不适宜或环境中有害物质的影响而导致的生长不良现象。这种病害虽无病原物，不会相互传染，一旦发生则会造成重大损失。在袋料香菇最常见的生理性病害有硬开伞、菌丝淡化、烧菌（闷堆）、菌棒黄水、菌棒衰败和畸形菇等。
1.硬开伞
1.1症状 未成熟的子实体菌盖与菌柄发生分离裂开的现象，即为“硬开伞”。
1.2原因 秋菇后期，若冷空气突然来袭，温度急骤降低或昼夜温差过大（10℃以上），造成料温和气温温差较大，菌柄和菌盖生长不平衡，秋菇常出现硬开伞。
1.3防治 保持适宜的温度，通风换气要好，培养料的水分和空气湿度要适宜，这样就不容易开伞。
2.畸形菇
2.1症状 菇体不正常，主要表现为有柄无盖、菇柄过粗或菇盖畸形等。
2.2病因 除部分遗传因素外，畸形菇主要由原基形成部位过深，大量养分消耗于菇柄生长或者脱袋时气温过高所致。CO2等有害气体浓度过高，或者割袋出菇不及时，机械挤压，形成菇盖畸形。
2.3防治 选用经严格出菇试验、保持优良种性的菌种；菇棚的分布与朝向，应充分考虑通风方便，管理上更应加强通风换气；第1潮菇的催菇应视品种和菌棒含水量而定，容易出菇的品种提倡自然出菇，不需催蕾。不易出菇的品种或含水量不足的菌棒，通过浸水软化菌皮，以利出菇，而不应采用注水的办法。不易出菇但含水充分的菌棒，可结合最后一次刺孔增氧达到催蕾的效果；常规菇脱袋时间宜在气温连续3天低于16℃时进行。应加强秋菇后期菇房的保温措施，减小菇房温度的变幅。
3.菌丝淡化
3.1症状 菌丝生长稀少，菌棒软绵无弹性。
3.2病因 灭菌前培养料已经发生霉变，杂菌释放的抗菌素浓度过高或杂菌的活动改变了培养料的pH值；培养料选用不合适，如选用未经脱脂处理的针叶树木屑而导致油脂及萜烯类物质浓度过高，抑制香菇菌丝生长；过量添加硫酸镁等化学物质；缺少某些必需的营养元素。
3.3防治 选用新鲜优质的培养料，合理配方，不随意添加化学物质；拌料后及时严格灭菌，防止酵母菌发酵而改变培养料的pH值。
4.烧菌
4.1症状 培养料发热、发酸、菌丝死亡。发菌初期和刺孔增氧期间容易发生。
4.2病因 香菇菌丝的呼吸过程消耗氧气并释放热量，在菌棒高密度堆叠和通风不畅的条件下，积累了热量，使料温升高，温度的升高又促进代谢加速，从而进入一个恶性循环过程，刺孔增氧加速了这个循环过程。当料温升到33℃以上，氧气供不应求时，菌种块表面或内部原有的弱势菌类——酵母菌在厌氧状态下，上升为优势菌类，培养料很快发酵并酸化，加速香菇菌丝的死亡。
4.3防治 及时散堆，疏排菌棒，分批刺孔，加强通风。
5.菌棒黄水
5.1症状 菌瘤不能正常干缩成菌皮，而是溶解成棕黄色的酱水，黄汁流溢之处由表向内腐烂，最后受害部位有各种杂菌混发。
5.2病因 菌瘤内菌丝在高温或机械损伤等不良环境条件下，自溶成酱液。黄汁的湿度和营养物质有利于青霉或细菌的繁殖为害，引发传染性病害。
5.3防治 选用抗逆性强的品种，如V26、V29；菌棒应堆放在阴凉通风之处；刺孔增氧气温掌握在20℃~25℃，轻拿、轻刺、轻放，避免刺伤菌瘤；用注射器抽去黄汁，减少筒袋内湿度；为害严重者，应剥除筒袋，剔除腐殖质，将菌棒在0.05%的扑霉灵溶液中浸泡1分钟，沥干后重新套袋，重新刺孔。
6.菌棒衰败
6.1症状 菌皮坚硬，菌棒内部菌丝残短无光泽，培养料遇水松散。第1潮菇后，菌棒不能正常收缩，此症状在脱袋管理的香菇菌棒中更易发生。
6.2病因 劣质培养料、不良气候或管理不善造成后期菌丝生长不良。菌丝残短，失去粘联培养料和扭结成菌索、形成原基的能力。
6.3防治 选用抗逆性强的品种；选用优质培养料，尤其要坚持使用石膏而不应以碳酸钙代替，更要避免使用掺假的劣质麸皮；加强后期管理，菌棒入棚后，在较热的天气还需加强遮荫、通风散热，防止后期烧菌。
1.硬开伞
1.1症状 未成熟的子实体菌盖与菌柄发生分离裂开的现象，即为“硬开伞”。
1.2原因 秋菇后期，若冷空气突然来袭，温度急骤降低或昼夜温差过大（10℃以上），造成料温和气温温差较大，菌柄和菌盖生长不平衡，秋菇常出现硬开伞。
1.3防治 保持适宜的温度，通风换气要好，培养料的水分和空气湿度要适宜，这样就不容易开伞。
2.畸形菇
2.1症状 菇体不正常，主要表现为有柄无盖、菇柄过粗或菇盖畸形等。
2.2病因 除部分遗传因素外，畸形菇主要由原基形成部位过深，大量养分消耗于菇柄生长或者脱袋时气温过高所致。CO2等有害气体浓度过高，或者割袋出菇不及时，机械挤压，形成菇盖畸形。
2.3防治 选用经严格出菇试验、保持优良种性的菌种；菇棚的分布与朝向，应充分考虑通风方便，管理上更应加强通风换气；第1潮菇的催菇应视品种和菌棒含水量而定，容易出菇的品种提倡自然出菇，不需催蕾。不易出菇的品种或含水量不足的菌棒，通过浸水软化菌皮，以利出菇，而不应采用注水的办法。不易出菇但含水充分的菌棒，可结合最后一次刺孔增氧达到催蕾的效果；常规菇脱袋时间宜在气温连续3天低于16℃时进行。应加强秋菇后期菇房的保温措施，减小菇房温度的变幅。
3.菌丝淡化
3.1症状 菌丝生长稀少，菌棒软绵无弹性。
3.2病因 灭菌前培养料已经发生霉变，杂菌释放的抗菌素浓度过高或杂菌的活动改变了培养料的pH值；培养料选用不合适，如选用未经脱脂处理的针叶树木屑而导致油脂及萜烯类物质浓度过高，抑制香菇菌丝生长；过量添加硫酸镁等化学物质；缺少某些必需的营养元素。
3.3防治 选用新鲜优质的培养料，合理配方，不随意添加化学物质；拌料后及时严格灭菌，防止酵母菌发酵而改变培养料的pH值。
4.烧菌
4.1症状 培养料发热、发酸、菌丝死亡。发菌初期和刺孔增氧期间容易发生。
4.2病因 香菇菌丝的呼吸过程消耗氧气并释放热量，在菌棒高密度堆叠和通风不畅的条件下，积累了热量，使料温升高，温度的升高又促进代谢加速，从而进入一个恶性循环过程，刺孔增氧加速了这个循环过程。当料温升到33℃以上，氧气供不应求时，菌种块表面或内部原有的弱势菌类——酵母菌在厌氧状态下，上升为优势菌类，培养料很快发酵并酸化，加速香菇菌丝的死亡。
4.3防治 及时散堆，疏排菌棒，分批刺孔，加强通风。
5.菌棒黄水
5.1症状 菌瘤不能正常干缩成菌皮，而是溶解成棕黄色的酱水，黄汁流溢之处由表向内腐烂，最后受害部位有各种杂菌混发。
5.2病因 菌瘤内菌丝在高温或机械损伤等不良环境条件下，自溶成酱液。黄汁的湿度和营养物质有利于青霉或细菌的繁殖为害，引发传染性病害。
5.3防治 选用抗逆性强的品种，如V26、V29；菌棒应堆放在阴凉通风之处；刺孔增氧气温掌握在20℃~25℃，轻拿、轻刺、轻放，避免刺伤菌瘤；用注射器抽去黄汁，减少筒袋内湿度；为害严重者，应剥除筒袋，剔除腐殖质，将菌棒在0.05%的扑霉灵溶液中浸泡1分钟，沥干后重新套袋，重新刺孔。
6.菌棒衰败
6.1症状 菌皮坚硬，菌棒内部菌丝残短无光泽，培养料遇水松散。第1潮菇后，菌棒不能正常收缩，此症状在脱袋管理的香菇菌棒中更易发生。
6.2病因 劣质培养料、不良气候或管理不善造成后期菌丝生长不良。菌丝残短，失去粘联培养料和扭结成菌索、形成原基的能力。
6.3防治 选用抗逆性强的品种；选用优质培养料，尤其要坚持使用石膏而不应以碳酸钙代替，更要避免使用掺假的劣质麸皮；加强后期管理，菌棒入棚后，在较热的天气还需加强遮荫、通风散热，防止后期烧菌。