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以西瓜种子的１２个品种（系）为模板ＤＮＡ，研究了影响ＲＡＰＤ扩增效果的因素。结果表明，模板ＤＮＡ，Ｔａｑ酶，随机引物，Ｍｇ＾２＋浓度以及ＰＣＲ反应程序在ＲＡＰＤ分析中都具有重要的作用，根据以上因子的研究结果，建立适合西瓜种植物的ＲＡＰＤ分析的技术体系：１０μＬ反应液中，模板１０ｎｇ／１０μＬ，引物０．５μｍｏｌ／Ｌ，Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ８．３）５０ｍｍｏｌ／Ｌ，ＢＳＡ５００μｇ／ｍＬ，ＭｇＣｌ３