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作物模型正日益用于设计不同环境中的理想株型育种。DNA分子标记可把复杂的数量性状分解成若干个数量性状位点(quantitative trait loci，QTL)的效应，并将QTL转入到栽培品系中去。作物模拟与QTL定位相结合，QTL将去除若干所测定模型输入参数的随机误差。这种基于QTL效应的作物模型，将弥补常规模型忽视其输入性状遗传效应的缺点，并能更准确地预测遗传群体中各个体间的产量差异。另一方面，作物模型能成为解释“基因型与环境互作”的有力工具，也将弥补QTL定位不能将一个环境条件试验分析结果外推到另