碳中和战略的提出是应对全球气候变化的必然要求，也是维护人类生存环境的内在需求。农业农村区域是温室气体的重要排放源，农业生产是流域水生态环境的主要面源污染源之一，农业面源污染治理与温室气体减排，是实现农业农村环境改善和碳中和战略目标的重要途径。然而，现有研究往往局限于农业环境温室气体减排或农业面源污染控制的单一层面，对两者的相互关系缺乏系统了解，导致传统的农业温室气体减排与面源污染控制模式相割裂，难于实现面源污染治理与碳中和目标共赢。如何权衡农业面源污染控制与温室气体减排之间的关系，共同推进农业面源污染治理与碳中和战略目标的达成，成为一个亟待解决的难题。本文通过梳理农业面源污染与温室气体排放的现状，阐述了面源污染与温室气体同源共生的关系；基于面源污染控制与温室气体减排殊途同归的关系，提出了去污减排与固碳增汇协同并举的治理思路；基于传统的农业面源污染控制和温室气体减排技术模式，结合新形势下的碳中和理念和技术，从模型优化、体系升级和新兴技术多层次多角度系统阐述了基于碳中和的农业面源污染治理模式发展态势，揭示了共同实现农业面源污染治理与碳中和战略目标的发展路径。本文整合了国内外相关研究成果和前沿热点报道，研究结果可以为我国新形势下的农业系统发展思路提供理论指导。