本研究旨在了解辽河口表层沉积物中古菌和细菌的群落结构组成、多样性及其与环境因子之间的相关性。采用构建古菌和细菌16SrRNA基因文库的方法,应用Illumina Miseq测序技术进行序列分析。结果表明:辽河口表层沉积物中细菌多样性高于古菌多样性,近岸细菌和古菌多样性高于远岸,即河相区(0.8~7.04)细菌多样性高于混合区(13.1~20.7)和海相区(24.2~31.5);主要古菌群落为奇古菌门(Thaumarchaeota,72.73%)和广古菌门(Euryarchaeota,25.05%),其中泉古菌门(Crenarchaeota,0.001%)只在河相区站位被发现;细菌群落组成中变形菌门(Proteobacteria,61.94%)为该河口的优势菌群,其次为拟杆菌门(Bacteroidetes,11.21%)和酸杆菌门(Acidobacteria,5.59%),其他门类如蓝藻门(Cyanobacteria,3.03%)等比例较小。与环境因子的冗余度分析表明:影响表层沉积物中古菌群落分布的主要环境因子依次为氨盐、泥、酸碱度、盐度、电导率和砂,而细菌群落的分布主要受到溶氧、泥、砂、黏土和总磷的影响。由此可见,不同环境条件下微生物的群落结构存在空间异质性,不同微生物对同一环境条件的响应亦不同。