抗虫棉大多数是转Bt基因棉花，目前，大田种植的棉花几乎全部为转基因棉花，转基因棉花能有效地控制棉铃虫、棉蚜、红蜘蛛、烟飞虱等危害，蕾铃脱落量大大降低，生长快，结铃多而早，但是需肥量较大。若采用传统施肥方法，不能满足其快速的生长需求，易使营养不良而发生早衰。抗虫棉的抗病能力下降，易患红叶茎枯病等病害，而增施有机肥和钾肥可以增強棉花抗逆性和防病效果。
　　一、增施有机肥和钾肥
　　棉花在施底肥方面，要增施有机肥和钾肥。若盲目增施氮肥、磷肥，减少或不施有机肥和钾肥，会导致施肥成本增加，土壤板结，土壤中的有机质快速减少，还会导致棉花早期旺长、早衰或早熟等，对棉花的品质和产量有很大影响。一般每667 m2施有机肥3000 kg（以植物秸秆、动物粪便等混合经过3个月以上的沤制）、钾肥12～13 kg。由每667 m2施尿素30 kg、过磷酸钙50 kg，减少至每667 m2施尿素10 kg、过磷酸钙20 kg。结合整地，将上述肥料深施15 cm以下。不要将尿素、钾肥、过磷酸钙、氮肥等施入过浅，易被太阳暴晒，失去养分;或者遇暴雨天被雨水冲走，起不到施肥的效果。
　　二、花铃期施肥原则
　　花铃期是棉花生长过程中发育最旺盛、需肥最多的时期，同时也是决定产量和品质的关键时期，需多施花铃肥，一般提倡重施、早施。
　　（一）施肥时间
　　花铃期是需肥最多的时期，施肥不足易造成蕾铃脱落，出现早衰;氮肥施入过多，棉花易出现旺长，也易引起蕾铃脱落。土壤肥力较差的棉田在花期施入，在成铃时再施1次肥。一般的棉田在1～2幼铃时进行，高产棉田在1～2成铃时进行。
　　（二）施肥量
　　底肥较好的田块，一般每667 m2施尿素15～
　　18 kg;底肥较差的田块，配合磷肥、钾肥一块施入。
　　（三）合理化控
　　根据棉花长势、水肥条件、气候特点，合理确定化控时间及药剂用量，对于长势较好的棉花应及早进行化学防控，长势较差的棉田应少控或不控。一般化学防控在初花期进行，每667 m2施用缩节胺1.5～2 g或助壮剂6～8 mL，主要控制植株的高度和上部果枝;对于旺长的棉田应在7月下旬进行第2次化学防控，药剂用量同上;对于打顶后长势仍过旺的棉田，6～7 d仍有腋芽生出，在以上用药量的基础上翻倍，调节顶部果枝生长，减少腋芽和无效果枝生长，改善后期通风条件，提高结铃率，增加铃质量。
　　三、后期土壤追施改为叶面追施
　　棉花生长后期，即棉花打顶后，养分优先供应幼铃，根系吸收养分能力下降。若养分不足，上部的果枝易处于脱肥状态，易引起早衰。此时追施肥料不仅难度较大，还容易受天气影响，不能及时被植株吸收，满足营养需求，需施盖顶肥。叶面追盖顶肥具有简便、效果好、见效快、省肥的优点，比土壤追肥节省2/3肥料。最佳选择的肥料是尿素和硫酸钾，这两种肥料具有营养元素含量高、成本低、使用安全等优点。在使用这两种肥料喷施时的浓度不超过2%，每667 m2用料在1 kg以上，要避开阴雨天、晴天的中午喷施，要把叶背面喷湿。叶面追肥在打顶之后喷施，8～10 d喷施1次，间隔时间不易过长。棉花追肥要遵循开花前尽量少施，开花后不要缺肥原则。
　　四、巧施硼肥
　　棉花出苗后缺硼，叶片增厚变大，颜色较深，幼芽易折断，正常的叶子呈“Y”形，萎缩下垂呈“个”形，发育较慢，严重时不出真叶，直至死亡。苗期缺硼，生长较慢，腋芽萌发后，形成多头、叶小、色淡的畸形苗，真叶的萌发也比较缓慢;孕苗期缺硼，幼芽发黄、苞叶开张，易脱落，中下部坐果较少或不生蕾，严重缺硼时出现“蕾而不花”;花铃期缺硼，落蕾严重，开花较少，铃端尖而弯曲，铃基部呈褐色，成熟时不易开裂，叶絮不畅，产量和品质均有大幅下降。应当根据当地土壤监测结果来合理确定硼肥施用量，结合整地，让硼肥和其他肥料一起施入土地。若苗期缺乏硼肥，应当在缓苗后开沟施入，再覆土浇水。花铃期结合叶面施肥，混合在一起喷施。
　　棉花管理中最复杂的问题是施肥。施肥越多越高产的观点是错误的，有时施肥过高也会造成减产。因此，应该根据棉花的生长需要来合理确定施肥量和施肥时间，从而提高棉花的产量和品质。在底肥施足的基础上，棉花开花结铃前一般不追施速效氮肥，避免营养过盛而旺长。在开花盛期适宜追肥（果枝开第4个花），根据地力和植株的长势，每667 m2施尿素不超过15 kg。底肥未施用钾肥或钾肥用量过少的，则应尽早追施。