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近年来，随着国家对农林水、民生工程和城乡基础设施建设项目投入的加大，相关部门掌握的专项资金数量也不断增加，加大对专项资金的监管力度，确保专项资金使用合规、提高效益，已刻不容缓。
一、明确财政专项资金的范围
应根据财政专项资金的定义和内涵，明确哪些项目资金为专项资金管理，确定统一的专项资金统计口径以达到科学管理，有效监督的目的。例如，近年在河北省财政专项资金清理检查工作中，由于统计口径不是很明确具体清晰，所以出现了省、市、县三级在同一种财政专项资金的统计数字不相同，给专项资金的使用监控等工作带来了较大影响。因此，对财政专项资金进行科学系统合理的界定和分类，不仅有利于对用款单位核算管理和控制，同时也有利于财政部门加强对财政专项资金的科学管理、有效监督和开展综合评价。
二、定向资金项目管理要规范，完善项目机制的评审和财政定向资金项目库
为了防止资金的浪费并且提升财政定向资金的使用率与质量运行，一定要管理好专项资金项目，这个是源头治理的关键举措。改进和完善考核评审机制，要改变任务型的考核评审机制。第一，各单位各部门在对专项资金的使用上一定要对来进行审批的金额进行严格的审查处理，强化立项管理，抓好项目的可行性调研，周密组织项目专家对项目进行综合效益的评估论证，使项目决策机制科学化，为项目的实施，领导的决策提供可靠的依据。第二，各单位各部门在对专项资金已经审核的项目一定要建立相关的项目库对审批项目进行管理。第三，各个单位部门要按照专项资金的重要性来进行相关审批，以确定安排专项资金的拨款顺序，实现通过专项资金的投资达到国家宏观调控和支持地方各项事业发展的目标。第四，要根据项目建设的需要，由相关单位政府财政部门对相关项目进行预算审核确定专项资金数额，以此避免专项资金出现浪费等相关情况
三、强化财政监督，不断提高专项资金的使用效益
在加强项目管理、制度建设以及绩效评价的基础上，财政监督要与处室部门监督形成合力，齐抓共管，实现全方位、多层次、多环节的监督。把监督的重点从事后监督转向事前和事中监督，及时发现和纠正各种违规行为。在做好日常监督的同时，也应对重大专项资金进行集中检查，要采取多种检查方式，如异地交叉检查方式，就能收到不错的检查效果。
四、进一步完善制度建设，制定专项资金管理办法
随着依法行政工作的进一步规范，财政专项资金的管理应就专项资金的范围、预算编制、预算执行、项目合同方法、支出范围标准如项目绩效管理、监督管理、奖惩措施等以制度化的形式确定下来，同时应注重制度的可操作性，建立财政专项资金靠制度管理、用制度监督、按制度使用的新机制。深化财政管理改革，提高财政管理水平。进一步推进各项财政改革，不断完善政策和制度，强化管理和监督机制。对专项资金的管理，应尽量归类，通过转移支付切块下达给地方，由地方统筹安排使用，克服目前专项资金层次多、项目多、资金分散、程序复杂等不利于管理和使用效益差的问题。规范管理，改进作风，提高效率。预算一经批准，就应严格组织实施，尽可能的加快支出进度，切实解决虚列支出、滞留资金等问题，提高财政资金的使用效益。完善财政内控监督体系，把监督的重点从事后监督转向事前监督和事中监督，及时发现和纠正各种违规行为，确保资金的安全运行。
五、实施专项资金绩效评价，提高专项资金使用效益
对专项资金的绩效评价，是当前一门新兴科学，是引用西方财政管理的一种先进监督手段。应根据不同的项目内容，运用科学的、规范的评价方法，进行分析、判断、评价，改进和完善考核评价机制，切实提高财政运行质量，对专项资金的使用情况进行客观、公正的制约的反馈，为专项资金的决策管理提供可靠的数据，提高资金的经济和社会效益。要使专项资金绩效评价工作在政府内部形成一定的监督效果，更要充分利用媒体、舆论和广大群众的监督作用，使绩效评价工作不断地走向社会化，使绩效评价工作能够被全社会和人民群众所理解和接受，实现绩效评价工作的全民化。也便于今后的专项资金管理再上一个新台阶。
六、实行责任追究制度，建立纪律约束机制
应根据专项资金的特点，将其管理和使用列入政府主要领导和项目单位一把手目标责任制，签定责任状，制定专项资金考核量化指标，依据财权与事权范围建立权责制，如资金拨付率、滞留资金率、挤占挪用率等，列入年度考核目标，对不达标者进行责任追究。同时建立纪律约束机制，将专项资金的管理使用寓于组织、人事和纪检、监察部门对干部的监督管理中，在干部离任、转任、提拨任用时，结合离任审计，将专项资金作用情况量化考核，对量化指标不合格的不得转任和提拨，并按干部管理权限进行惩处。这样不但能提高专项资金的使用效益，还能很好地规范使用行为，杜绝腐败问题发生。另外，还要将财政专项资金绩效审计与经济责任审计和问责制有机地结合。问责制是一种现代行政制度。所有官员的个人行为和业绩都要受到监督。实施问责制是现代政府强化和明确责任，改善政府管理，建设责任政府的本质要求，也是推进依法行政的重要保证。实施问责制的目的，是强化官员对人民的责任心，提高服务质量，保证行政亲民、高效、廉洁。
七、加强和完善财政专项资金绩效审计与经济责任审计的结合
专项资金绩效审计与经济责任的审计是一个有机的整体，应同等对待，相互对应，互为牵制。这样才能在专项资金审计中客观、公正、真实地反映资金收支的全貌。绩效审计与经济责任的审计相结合是控制权力，提高政府职能部门工作效率的重要组成部分，提高财政专项资金利用效率的重要举措。
一、明确财政专项资金的范围
应根据财政专项资金的定义和内涵，明确哪些项目资金为专项资金管理，确定统一的专项资金统计口径以达到科学管理，有效监督的目的。例如，近年在河北省财政专项资金清理检查工作中，由于统计口径不是很明确具体清晰，所以出现了省、市、县三级在同一种财政专项资金的统计数字不相同，给专项资金的使用监控等工作带来了较大影响。因此，对财政专项资金进行科学系统合理的界定和分类，不仅有利于对用款单位核算管理和控制，同时也有利于财政部门加强对财政专项资金的科学管理、有效监督和开展综合评价。
二、定向资金项目管理要规范，完善项目机制的评审和财政定向资金项目库
为了防止资金的浪费并且提升财政定向资金的使用率与质量运行，一定要管理好专项资金项目，这个是源头治理的关键举措。改进和完善考核评审机制，要改变任务型的考核评审机制。第一，各单位各部门在对专项资金的使用上一定要对来进行审批的金额进行严格的审查处理，强化立项管理，抓好项目的可行性调研，周密组织项目专家对项目进行综合效益的评估论证，使项目决策机制科学化，为项目的实施，领导的决策提供可靠的依据。第二，各单位各部门在对专项资金已经审核的项目一定要建立相关的项目库对审批项目进行管理。第三，各个单位部门要按照专项资金的重要性来进行相关审批，以确定安排专项资金的拨款顺序，实现通过专项资金的投资达到国家宏观调控和支持地方各项事业发展的目标。第四，要根据项目建设的需要，由相关单位政府财政部门对相关项目进行预算审核确定专项资金数额，以此避免专项资金出现浪费等相关情况
三、强化财政监督，不断提高专项资金的使用效益
在加强项目管理、制度建设以及绩效评价的基础上，财政监督要与处室部门监督形成合力，齐抓共管，实现全方位、多层次、多环节的监督。把监督的重点从事后监督转向事前和事中监督，及时发现和纠正各种违规行为。在做好日常监督的同时，也应对重大专项资金进行集中检查，要采取多种检查方式，如异地交叉检查方式，就能收到不错的检查效果。
四、进一步完善制度建设，制定专项资金管理办法
随着依法行政工作的进一步规范，财政专项资金的管理应就专项资金的范围、预算编制、预算执行、项目合同方法、支出范围标准如项目绩效管理、监督管理、奖惩措施等以制度化的形式确定下来，同时应注重制度的可操作性，建立财政专项资金靠制度管理、用制度监督、按制度使用的新机制。深化财政管理改革，提高财政管理水平。进一步推进各项财政改革，不断完善政策和制度，强化管理和监督机制。对专项资金的管理，应尽量归类，通过转移支付切块下达给地方，由地方统筹安排使用，克服目前专项资金层次多、项目多、资金分散、程序复杂等不利于管理和使用效益差的问题。规范管理，改进作风，提高效率。预算一经批准，就应严格组织实施，尽可能的加快支出进度，切实解决虚列支出、滞留资金等问题，提高财政资金的使用效益。完善财政内控监督体系，把监督的重点从事后监督转向事前监督和事中监督，及时发现和纠正各种违规行为，确保资金的安全运行。
五、实施专项资金绩效评价，提高专项资金使用效益
对专项资金的绩效评价，是当前一门新兴科学，是引用西方财政管理的一种先进监督手段。应根据不同的项目内容，运用科学的、规范的评价方法，进行分析、判断、评价，改进和完善考核评价机制，切实提高财政运行质量，对专项资金的使用情况进行客观、公正的制约的反馈，为专项资金的决策管理提供可靠的数据，提高资金的经济和社会效益。要使专项资金绩效评价工作在政府内部形成一定的监督效果，更要充分利用媒体、舆论和广大群众的监督作用，使绩效评价工作不断地走向社会化，使绩效评价工作能够被全社会和人民群众所理解和接受，实现绩效评价工作的全民化。也便于今后的专项资金管理再上一个新台阶。
六、实行责任追究制度，建立纪律约束机制
应根据专项资金的特点，将其管理和使用列入政府主要领导和项目单位一把手目标责任制，签定责任状，制定专项资金考核量化指标，依据财权与事权范围建立权责制，如资金拨付率、滞留资金率、挤占挪用率等，列入年度考核目标，对不达标者进行责任追究。同时建立纪律约束机制，将专项资金的管理使用寓于组织、人事和纪检、监察部门对干部的监督管理中，在干部离任、转任、提拨任用时，结合离任审计，将专项资金作用情况量化考核，对量化指标不合格的不得转任和提拨，并按干部管理权限进行惩处。这样不但能提高专项资金的使用效益，还能很好地规范使用行为，杜绝腐败问题发生。另外，还要将财政专项资金绩效审计与经济责任审计和问责制有机地结合。问责制是一种现代行政制度。所有官员的个人行为和业绩都要受到监督。实施问责制是现代政府强化和明确责任，改善政府管理，建设责任政府的本质要求，也是推进依法行政的重要保证。实施问责制的目的，是强化官员对人民的责任心，提高服务质量，保证行政亲民、高效、廉洁。
七、加强和完善财政专项资金绩效审计与经济责任审计的结合
专项资金绩效审计与经济责任的审计是一个有机的整体，应同等对待，相互对应，互为牵制。这样才能在专项资金审计中客观、公正、真实地反映资金收支的全貌。绩效审计与经济责任的审计相结合是控制权力，提高政府职能部门工作效率的重要组成部分，提高财政专项资金利用效率的重要举措。