明太祖朱元璋自开国之后，为了让子孙治国有据可依，特地制定了《皇明祖训》。在这部长长的祖训中，他开篇就确立了十几个“不征之国”，也就是子孙不得与之交战的国家。在这些国家里，日本国就赫然在列。然而奇怪的是，對于不攻打其他国家，朱元璋给出的解释都是这些国家有心朝贡，因此不须攻打，唯独对日本，朱元璋却说，这日本国阴险狡诈、“谋为不轨”，因此千万不要和这个国家有过多的往来。
　　的确，朱元璋对日本的鄙视，可谓深入骨髓。他常常对着大臣和子孙痛骂日本反复无常，就连在一首夸赞日本进贡的折扇的诗中，都不忘骂日本人是“肆志跳梁”的跳梁小丑，并且在结尾写道：“今知一挥掌握中，异日倭奴必此变”，提醒自己注意日本的异常动向。
　　更有甚者，洪武初年，日本国王两次派遣使者前来朝贡，竟都被朱元璋拒之门外。朱元璋不仅不接收日本的贡品，还把前来出使的日本使者软禁在四川、陕西的寺庙中，令他们没法回国复命。此外，按照惯例，日本国王要接受中国的册封，而朱元璋却拒不册封日本国王，一直到朱元璋死后，朱棣即位，日本的天皇才获得了朱棣颁赐的龟钮金印，被明朝正式册封为“日本国王”。（不过，当时日本的这位“怀良国王”，实则不是天皇，而是大将军，不过他掌握大权，和天皇也相差无几了）
　　那么，朱元璋对日本的厌恶到底从何而来呢？
　　明朝初年，常常有倭寇来骚扰明朝沿海的山东、浙江、福建等地，烧杀掳掠，掳走当地人民。他们手段狠毒，却又行踪飘忽，总是小股部队打一枪换一个地方，因此很难防御。于是，朱元璋便派人告诉日本国王，要管束好日本人，不要来中国作乱，否则就要大军压境，攻打日本。可是，等日本第一次向明朝进贡的时候，朱元璋就被日本国王傲慢无礼的国书气得怒火中烧。这日本国王不仅没有收敛，反而在国书中写道：“天朝有兴战之策小邦亦有御敌之图。”这意思就是说，你明朝尽管来打吧，我们日本自然有抵御你们的方法。
　　朱元璋看后自然火冒三丈，当即斥退了日本使者。可明朝毕竟才刚刚建立，百废待兴，这时就远征日本，实在有些力不从心。而且，日本国王还特地提到了元朝忽必烈派水师攻打日本，却被“神风”吹得大败而归的故事。这前车之鉴，朱元璋也不得不防啊。日本孤悬海外，如果劳师远征，必然会伤及刚建立的大明元气，所以，他不得不搁置下攻打日本的念头，并告诫子孙，不要轻易攻打日本。
　　此外，朱元璋拒绝与日本往来，也是因为汉奸太多。总有人受金钱的诱惑，去给日本人当奸细，为日本人带路，这令各地的守土官员非常头疼。朱元璋对这种汉奸毫不手软，专门下诏，责令地方官，一旦抓获奸细，就要立刻“押赴京师，明正典刑，斩首示众”。然而，纵使朱元璋这般痛下狠手，奸细仍然不少，于是朱元璋只好下令，严禁明朝人与日本人接触，如果没法接触，某些人自然也就做不了奸细了吧。
　　然而，朱元璋的小心防范，只能防得了一时，却防不了一世。虽然在洪武后期，倭寇有所收敛，但等到明朝中后期的嘉靖年间，倭寇又再次猖獗起来。