【摘 要】
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为了挖掘茄科罗尔斯通氏菌(Ralstonia solanacearum)致病相关基因,分别提取致病性(RS+)和无致病性(RS-)茄科罗尔斯通氏菌的总RNA进行转录组测序.两组测序数据经组装后得到5111条Contigs,RS-和RS+对比发现779条差异表达基因(DEGs),其中上调表达376条,下调表达403条.功能注释显示,这些DEGs主要集中在氨基酸代谢、膜转运、细胞运动和翻译等途径.信号通路富集显示,茄科罗尔斯通氏菌对寄主的响应由众多信号通路共同参与,其作用方式可能包括增强细菌趋化性、强化鞭毛组
【机 构】
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重庆三峡学院生物与食品工程学院,重庆万州404120;重庆三峡医药高等专科学校基础医学部,重庆万州404120
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为了挖掘茄科罗尔斯通氏菌(Ralstonia solanacearum)致病相关基因,分别提取致病性(RS+)和无致病性(RS-)茄科罗尔斯通氏菌的总RNA进行转录组测序.两组测序数据经组装后得到5111条Contigs,RS-和RS+对比发现779条差异表达基因(DEGs),其中上调表达376条,下调表达403条.功能注释显示,这些DEGs主要集中在氨基酸代谢、膜转运、细胞运动和翻译等途径.信号通路富集显示,茄科罗尔斯通氏菌对寄主的响应由众多信号通路共同参与,其作用方式可能包括增强细菌趋化性、强化鞭毛组装能力、提高细菌分泌系统、上调双组分信号转导系统、调整MAPK信号通路和增强氨基酸代谢等.转录组测序还发现许多毒力基因,其中茄科罗尔斯通氏菌Ⅲ型分泌系统的hrp基因簇中的23个基因,有16个在无致病性茄科罗尔斯通氏菌中下调表达.随机挑选4个DEGs进行qPCR分析,荧光定量结果与测序数据基本一致,说明基于转录组分析DEGs的表达较为可靠.研究为进一步深入探究茄科罗尔斯通氏菌致病分子机理提供参考.
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