【摘 要】
:
为了挖掘茄科罗尔斯通氏菌(Ralstonia solanacearum)致病相关基因,分别提取致病性(RS+)和无致病性(RS-)茄科罗尔斯通氏菌的总RNA进行转录组测序.两组测序数据经组装后得到5111条Contigs,RS-和RS+对比发现779条差异表达基因(DEGs),其中上调表达376条,下调表达403条.功能注释显示,这些DEGs主要集中在氨基酸代谢、膜转运、细胞运动和翻译等途径.信号通路富集显示,茄科罗尔斯通氏菌对寄主的响应由众多信号通路共同参与,其作用方式可能包括增强细菌趋化性、强化鞭毛组
【机 构】
:
重庆三峡学院生物与食品工程学院,重庆万州404120;重庆三峡医药高等专科学校基础医学部,重庆万州404120
论文部分内容阅读
为了挖掘茄科罗尔斯通氏菌(Ralstonia solanacearum)致病相关基因,分别提取致病性(RS+)和无致病性(RS-)茄科罗尔斯通氏菌的总RNA进行转录组测序.两组测序数据经组装后得到5111条Contigs,RS-和RS+对比发现779条差异表达基因(DEGs),其中上调表达376条,下调表达403条.功能注释显示,这些DEGs主要集中在氨基酸代谢、膜转运、细胞运动和翻译等途径.信号通路富集显示,茄科罗尔斯通氏菌对寄主的响应由众多信号通路共同参与,其作用方式可能包括增强细菌趋化性、强化鞭毛组装能力、提高细菌分泌系统、上调双组分信号转导系统、调整MAPK信号通路和增强氨基酸代谢等.转录组测序还发现许多毒力基因,其中茄科罗尔斯通氏菌Ⅲ型分泌系统的hrp基因簇中的23个基因,有16个在无致病性茄科罗尔斯通氏菌中下调表达.随机挑选4个DEGs进行qPCR分析,荧光定量结果与测序数据基本一致,说明基于转录组分析DEGs的表达较为可靠.研究为进一步深入探究茄科罗尔斯通氏菌致病分子机理提供参考.
其他文献
目的 对口服轮状病毒活疫苗(oral rotavirus vaccine,ORV)质量控制中的病毒滴度进行趋势分析.方法 利用CCID50+ELISA检测国内企业2019年生产的ORV的关键控制指标(病毒滴度),根据检测结果计算均值,建立警戒限(均值(x)±2s)和行动限(均值(x)±3s),绘制趋势分析图,进行连续性和周期性趋势分析;并将中国食品药品检定研究院(National Institutes for Food and Drug Control,NIFDC)病毒滴度结果与企业病毒滴度结果进行比较.
阿特拉津因效率高、价格低廉,是我国玉米田施用最广泛的除草剂之一,但其结构稳定,残留时间长,因此对生态环境和人类健康造成了一定的危害.从长期受阿特拉津污染的玉米田土壤中筛选并鉴定阿特拉津降解菌,明确其在不同类型土壤中的去除能力.对分离出的阿特拉津降解菌ATR3进行生理生化分析和16S rRNA序列鉴定,确定菌株ATR3为节杆菌属(Arthrobacter sp.).该菌株以阿特拉津为唯一氮源,培养48 h后对1000 mg/L阿特拉津的去除率达到97%以上.敏感作物盆栽试验结果表明,阿特拉津在棕壤上去除最快
筛选红色诺卡氏菌(Nocardia rubra)Nr-8206株适宜投产的最佳培养形态.将红色诺卡氏菌Nr-8206株复壮,通过涂布、形态学考察筛选典型菌落形态.通过发酵技术获得各种菌落形态菌株的生物量,进一步通过细胞破碎、化学提纯等方法获得细胞壁多糖产物,紫外可见光分光光度法进行有效物质含量测定及杂质的检测.结果 表明,红色诺卡氏菌Nr-8206株的最佳菌落形态为菌落直径1.68 mm、橘色、有突起、有褶皱、菌落边缘丝状,编号RY2.进行菌株RY2发酵,其菌体量最多,经破碎、提纯后,其有效物质糖含量及胞
实验室前期研究表明,蛋白质O-甘露糖转移酶1(Protein O-mannosyltransferase 1,Pmt1p)和Ted1p(Traffcking of Emp24p/Erv25p-dependent cargo disrupted)在细胞寿命和内质网应激反应方面存在相互调控关系.进一步研究酵母Pmt1p和Ted1p在细胞壁应激反应中(诱导剂为荧光增白剂或刚果红)的作用.观察PMT1基因缺失(pmt1Δ)酵母菌株和TED1基因缺失(ted1Δ)酵母菌株,以及PMT1和TED1双基因缺失(pm1Δ
目的 应用细胞工厂建立原代地鼠肾(primary hamster kidney,PHK)细胞传代培养工艺,培养狂犬病病毒,为PHK细胞和人用狂犬病疫苗(地鼠肾细胞)的规模化放大奠定基础.方法 选用SPF级地鼠,无菌取肾,经消化分散接种到细胞工厂中,在37℃下培养筛选出PHK细胞静置培养的最适细胞接种密度;在最适细胞接种密度下,从0.20%水解乳蛋白MEM培养基和改良的DMEM/F12培养基中筛选出更适宜地鼠肾细胞静置培养的培养基;同时对消化液A(含0.02% EDTA的0.25%胰蛋白酶溶液)和消化液B(
目的 了解广州市荔湾区2020年健康人群的麻疹、风疹和水痘IgG抗体水平,为本地制定免疫规划策略提供科学依据.方法 采用分层随机抽样方法确定被调查对象,采集血液标本共238份,进行麻疹、风疹和水痘的IgG抗体水平监测并进行分析.结果 ELISA检测血清样本共238份,麻疹、风疹和水痘IgG抗体阳性率分别为97.06%、92.02%和79.41%,抗体几何平均浓度(geometric mean concentration,GMC)分别为1204.65、43.38和290.38 mIU/mL.男女性别比为1.
微生物胞外多糖是一类由微生物产生的,有一定加工性能和/或人体健康增益效果的高分子聚合物.为了筛选胞外多糖高产的菌株并提高其多糖产量,以多糖含量为衡量指标,首先通过比较实验筛选目标菌株,然后采用生理生化和分子生物学的方法对该菌株进行菌种鉴定,最后运用单因素分析和响应面实验确定该菌株发酵脱脂乳产糖的最佳条件.结果 表明,菌株B6的产糖能力显著高于其他常规乳酸菌,经鉴定为鼠李糖乳杆菌(CGMCC No.13310).该菌株最优的产糖条件为发酵时间41 h,发酵温度39℃,脱脂乳浓度91 mg/mL,接种量5%(
贝莱斯芽胞杆菌(Bacillus velezensis)HG18是一株低温生防菌株,能够分泌抗菌物质.为挖掘和利用其抗菌功能基因,服务农业生产,采用二、三代相结合测序技术,对其进行全基因组测序,获得菌株完整基因组序列.基因组全长4461844 bp,包含一个染色体和一个质粒,GC含量44.06%,编码4643个基因,编码基因总长度3893994 bp,占基因组87.27%.发现6个几丁质降解相关基因,2个葡聚糖酶基因和1个壳聚糖酶基因,2个脂肽类抗菌物质芬芥素与表面活性素合成基因簇,2个细菌素subtil
目的 分析2017-2020年山东省聊城市疑似预防接种异常反应(adverse events following immunization,AEFI)流行病学特征,评价AEFI监测系统运转情况和疫苗预防接种的安全性,为今后疫苗的安全管理和预防接种提供科学依据.方法 通过AEFI监测系统收集2017-2020年聊城市AEFI监测数据,采用描述性流行病学方法对AEFI报告病例进行统计学分析,并对聊城市AEFI监测系统运行情况进行评价.结果 2017-2020年聊城市共累计报告AEFI病例6233例,共接种国家
带状疱疹(herpes zoster,HZ)是由水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)重新激活引起的传染性疾病.中国于2019年正式批准了重组带状疱疹疫苗(recombinant zoster vaccine,RZV)的上市,目前正处于应用的初期阶段,应用率较低.现根据国外已有的临床研究和预测模型研究,就RZV的免疫效果和卫生经济学效果作一概述,以评价RZV的综合接种效果和意义,为促进RZV的接种和免疫策略的完善提供参考.