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人的大肠中生活着60种～400种不同的微生物，其中细菌约占粪便干重的1／3，总数约100万亿个。目前，肠道正常菌群中仅约10％～25％的种类已经被人们认识清楚，其中厌氧菌占了优势。在厌氧菌中，以脆弱拟杆菌、产黑素拟杆菌和核梭形杆菌这3种无芽孢革兰氏阴性厌氧菌含量最高。好氧菌的数量低于粪便含菌量的l％，主要种类是大肠杆菌和粪链球菌。