和陈水扁及其家族成员相关的弊案占据了民进党当局执政的大部分时间。
　　
　　以陈水扁家族海外洗钱案的发生作为分水岭，向前“倒带”，和陈水扁及其家族成员相关的弊案占据了民进党当局执政的大部分时间。2004年台湾地区领导人选举前，时任东帝士集团董事长陈由豪声称，在1994年陈水扁竞选台北市长时，曾在民进党大老沈富雄陪同下前往台北市民生东路的陈水扁官邸致赠政治献金，但遭吴淑珍严词否认。若此段情节属实，这个家族涉嫌贪腐的丑闻长达14年。
　　
　　高雄捷运案
　　
　　2005年8月23日在高雄市发生因不满台湾管理者的压榨，愤而进行了长达17个小时、1700多人参加的集体暴动，这是民进党当局和陈水扁家族弊案缠身的最初源头。而事态经由台湾TVBS电视台的持续爆料，将矛头直指时任“总统府”副秘书长的陈哲男。
　　该弊案的爆发因正逢当年底台湾地区“三合一”县市长选举的紧要关头，民进党中央于2005年10月28日 提出开除陈哲男党籍的建议。一天后，检察机关首次以被告身份传讯陈哲男，并在当日认定其涉嫌触犯《贪污治罪条例》。在舆论高压及民间抗议声不绝于耳之际，陈哲男当晚发表书面声明，主动退出民进党。然而，民进党依然召开临时中常会，正式决定开除陈哲男党籍。
　　对于陈哲男的东窗事发，陈水扁也发表了一番讲话，他信誓旦旦地说：“犯罪不能容忍，只要有证据，不管是谁，一律办到底；不论过去的关系和背景，皇亲国戚，不分党派严办到底。 ”不过，言犹在耳，不出1个月就被人质疑“假惺惺”。因为在高捷案当事者被台湾检方提起公诉后，多家媒体发现陈水扁妻子吴淑珍与高捷弊案有密切关联。直到TVBS电视台挖掘出了一段拍摄于2003年的新闻资料片。新闻片显示，那年的冬天，吴淑珍现身高雄中央公园，罕有地为高雄市政府及捷运公司当活广告。高雄市政府及捷运公司也对吴淑珍非常礼遇，他们在市中心盖起两个火车站，取名为“言论广场站”及“城市光廊站”，加上铺轨道、从澳大利亚制造厂空运5个真的车厢，共花费1600万元新台币。
　　
　　SOGO礼券案
　　
　　
　　时间进入2006年，高捷案在2005年底的县市长选举给予民进党重大打击，但围绕在以陈水扁为首的家族贪腐还只是停留在传闻及爆料的层次上。但到了SOGO礼券案的爆发，第一家庭在官商勾结、权钱交易方面的点滴才逐一曝光。
　　这场被形容为“世纪大骗局”的弊案中，一家名叫太平洋崇光百货的股权争夺大战，从商界的尔虞我诈发展到吴淑珍插手干预，过程迷雾重重。同时，这起事件还把陈水扁的三大亲信全数拖下水。
　　SOGO是台湾百货业界的翘楚，但一场纳莉台风却引发了公司财务危机，在向银行、金融财团求援无门之际，SOGO百货当时的经营者找到了“总统府”副秘书长陈哲男。这之后，觊觎该百货公司主导权的各方人马更是使劲浑身解数，把陈水扁的心腹马永成、第一家庭医疗小组召集人、新光医院副院长黄芳彦都拉了进来，而这些耳目正是吴淑珍游走于政商关系网的重要砝码，使她可以不出家门半步，即可左右一件商业并购案。
　　这起商业争夺案，与吴淑珍直接关联的症结是前国票公司董事长林华德抬出整起事件背后有“高层人士”幕后遥控。但此一说法遭吴淑珍全盘否认，不仅如此，其余涉案当事人也语焉不详、态度暧昧。
　　SOGO案发后，陈水扁的态度从吴淑珍“绝对没有收礼券”变到“没有直接收”，说辞几度反复，令第一家庭的信用濒临破产。2008年8月29日，台北地方法院一审宣判太平洋ＳＯＧＯ百货经营权争夺案，台湾远东集团负责人徐旭东、法务长黄茂德、财务长李冠军三人，均获判无罪。反而，当初把吴淑珍拉出来灭火的林华德，被法院认定犯有背信罪，一审判处有期徒刑两年。
　　SOGO案一审判决出炉后，台北地方法院合议庭法官就舆论质疑吴淑珍等人在案中几乎“毫发无伤”提出询问。经办法官表示，前第一夫人吴淑珍、前第一家庭医师黄芳彦，确实曾经分别领取、消费ＳＯＧＯ礼券，但是否涉及不法，法官坦言，由于2006年10月2日，吴淑珍、黄芳彦等人收受ＳＯＧＯ礼券的案卷已经被时任台北地检署检察官曾益盛，以和犯罪无关，利用手中权力将案件行政签结，在未经检察官起诉下，不在此次ＳＯＧＯ百货经营权争夺案审理范围内，故而吴淑珍才得以脱身。
　　
　　台开案
　　
　　2006年5月10日，陈水扁出访返台前夕，“立法委员”邱毅公开指控赵建铭及其母亲简水绵涉嫌以内线交易的方式获取台湾土地开发公司即将大幅上涨的内幕消息，从而获利高达3亿元新台币。不仅如此，与赵建铭直接关联的弊案还有，“受贿介入台开董事长人事的非法游说”、“收取药商回扣”和“受贿参与银行贷款”三案，与台开案合称“四大弊案”。
　　迫于舆论激烈的反响，陈水扁在当年的5·20就职周年当天为女婿的弊案向全民道歉。而该案在7月10日由检察机关宣布侦结，正式起诉包括赵建铭及其家人在内的共13名被告。赵建铭涉嫌内线交易情节重大，不法获利逾1亿元，具体求处8年有期徒刑；赵建铭之父赵玉柱涉嫌内线交易与侵占，求刑10年有期徒刑，并科罚金3000万元。那一年，身为第一家庭成员的赵建铭遭羁押进监狱的场面，轰动全台。
　　2007年6月28日，台湾高等法院就台开弊案作出二审宣判，赵建铭等4人刑责全部加重，其中赵建铭判刑7年，赵玉柱9年6个月，两人都并科3０００万元罚金。
　　
　　国务机要费案
　　
　　困扰陈水扁家族的弊案一波未平一波又起，“台湾红”公司的实际负责人李慧芬向国民党“立委”邱毅爆料，指控陈水扁妻子吴淑珍从各处名媛贵妇手中收集发票，以作报销国务机要费，涉嫌贪渎及伪造文书等多项罪名。
　　
　　因为案情直接涉及到陈水扁本人，民进党及吴淑珍的辩护律师提出，检察官办案可能触及台湾法律赋予陈水扁的“刑事豁免权”，诉请大法官“释宪”，并希望将豁免权的范围延伸到吴淑珍及陈水扁的亲信幕僚。2007年6月16日，大法官解释文出炉，认可并宣告领导人的刑事豁免权涵盖侦查、起诉及审判全过程，陈水扁享有“国家机密”特权和“拒绝证言”权，检察官将陈水扁视为犯罪嫌疑人对其进行的侦查，有侵害该豁免权之虞。
　　2007年11月3日，台湾高等法院检察署宣布国务机要费案侦查终结，检察官认定，陈水扁、吴淑珍、马永成、林德训、陈镇慧皆涉嫌贪渎。但因陈水扁具有刑事豁免权，高等检察署只起诉了其余四人，检方还认定，吴淑珍涉嫌诈领国务机要费的数额达1480万元新台币。陈水扁办公室主任林德训和会议陈镇慧除了伪造文书的罪名外，还被检方指控涉嫌提供伪证。
　　11月5日，陈水扁发表“向人民报告”的长篇电视讲话，亲自说明国务机要费案的争议，并全盘否认自己和家人涉案，数次强调“清廉名誉比生命还重要”。同时，陈水扁作出承诺：“不必等到三审定谳，只要司法在一审判决贪污有罪，我立即下台一鞠躬。”
　　因第一家庭连续爆发贪渎丑闻，当年夏秋季节，由前民进党主席施明德发起的公民反贪腐运动，而在政坛上，以国民党、亲民党为核心的泛蓝联盟寻求通过法律途径罢免陈水扁。到9月15日当天，台北市街头汇聚了超过１００万人高呼“阿扁下台”，岛内政局陷入激烈动荡期。
　　
　　海外洗钱案
　　
　　正当卸任之后的陈水扁，帮着应付大大小小数十个官司，台湾人民盼望已久的国务机要费案的机密卷宗也得到注销机密的处理，陈水扁家族有史以来最大规模的弊案在瑞士联邦检察署请求台湾司法当局协助调查中曝光，迫使陈水扁公开承认自台北市长选举至今的选举剩余款申报不实，其妻吴淑珍更将其中的2000万美元汇往海外。8月15日，陈水扁发表退党声明，宣布他本人与妻子吴淑珍退出民进党。
　　洗钱案的爆发，连带牵扯出了二次金融改革的黑幕疑云、SOGO礼券风波中经营权争夺战的案外案，致使弊案如雪球般地日夜不停地滚动着。而据台湾最高检察署特侦组的调查进度所知，陈水扁家族海外洗钱经由全球4大洲、10个国家地區内转存汇兑，遍及亚洲的新加坡，欧洲的瑞士、英国，非洲的毛里求斯及美洲的维京群岛、开曼群岛，另外香港地区、日本及美国也可能有秘密账户及不动产，金额超过新台币10亿。有台湾媒体形容，“这个家族的洗钱可说是绕着地球跑，账户数目之多、转汇过程之复杂令人瞠目结舌。”