黄瓜是根癌农杆菌介导遗传转化获得转基因植株较为困难的物种之一，尽管黄瓜的基因组测序已经完成，大多数基因的功能尚未确定。发根农杆菌介导的毛状根转化能高效地诱导植物产生转基因根，为研究相关基因在根中的生物学功能提供了一种方便、快捷的途径。本研究建立了由发根农杆菌介导的高效、快速的适用于在黄瓜活体上诱导产生转基因根的转化方法。利用携带红色荧光蛋白基因DsRed2的发根农杆菌K599穿刺接种不同基因型黄瓜幼苗的下胚轴，在高湿状态下培养2周左右。在三种不同基因型黄瓜幼苗的下胚轴穿刺部位生长出毛状根，通过红色荧光蛋白观察及PCR验证，表明约89-94%的穿刺植株携带有转基因毛状根，新生毛状根中转基因根的比例约为55%。由此建立了在活体黄瓜下胚轴诱导产生转基因根的方法，红色荧光蛋白基因DsRed2可以作为报告基因来筛选转基因根与非转基因根，剪去非转基因根和主根后进行移栽种植，即为携带有转基因根而地上茎为非转基因的野生型黄瓜植株，该方法为大规模分析黄瓜根中相关基因的功能、地上-地下信号转导等研究奠定了基础。