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通过粒子群优化算法对一种具有蝶形单元的电磁带隙结构进行了优化设计，使其具有良好的频率特性。在优化过程中，为克服粒子群算法存在的早熟收敛和搜索精度低等问题，模拟生物克隆选择中5％的B细胞自然消亡过程，在优化算法进化过程中基于混沌理论和变异原理设计了粒子更新算法，并按照模拟退火方法进行更新后粒子的选择。通过仿真计算可以看出：给出的粒子群算法适合于蝶形单元电磁带隙结构的优化设计。优化后的电磁带隙结构在阻带性能和一10dB带宽基本不变的情况下，通带波纹明显减小且基本对称，频率特性较好。