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通过分析科研项目产出的知识特征,构建了科研项目两阶段产出模型,科研项目绩效的形成由知识生产和知识扩散两阶段构成,并将改进的两阶段DEA方法应用于科学基金项目产出效率评价。针对科学基金面上项目的实证研究结果说明科学基金项目产出效率整体呈现提高趋势,而且项目产出效率提升与项目资助强度提高有密切关系。通过分阶段效率的分析,发现科学基金项目产出效率进一步提升的瓶颈在于知识生产阶段,而提高项目资助强度则显著地促进了知识扩散效率。